Gegründet wurde der Klub am 23. Oktober 1998. Ab da nahm an der 1999 gegründeten Thailand Provincial League einer Fußball-Liga parallel zur Thai League und unter der Leitung der Sports Authority of Thailand (SAT). Im Gründungsjahr der Liga 1999, konnte der Klub auf Anhieb die Vizemeisterschaft erringen. Insgesamt war Suphanburi eine der erfolgreichsten Mannschaften der Pro League. Es konnte zweimal den Ligatitel, 2002 und 2004, errungen werden. Hinzu kamen drei Vizemeisterschaften. Nachdem der Thailändische Verband zwei Mannschaften zur Thai League zuließ, durfte der Klub, als Vizemeister 2005, in die Thailand League der höchste Liga aufsteigen. Zusammen mit dem Chonburi FC, der als Meister der Pro League ebenfalls aufsteigen durfte, waren beide Klubs die ersten aus den Provinzen Thailands in der TPL. Beide nahmen jedoch völlig unterschiedliche Entwicklungen in den Folgejahren. In der TPL angekommen, wurde Suphanburi Tabellenletzter. Aufgrund einer Ligareform, welche eine Aufstockung der Liga vorsah, musste die Mannschaft nicht absteigen. Ein Jahr später wurde FC Chonburi Meister der Thai Premier League, der FC Suphanburi musste absteigen, 2008 landete der Verein im Mittelfeld der 2. Liga und hatte keinerlei Chancen auf einen Wiederaufstieg. 2012 stieg Suphanburi nach vier Jahren wieder in die Thai League auf. 2015 errungen sie den dritten Tabellenplatz hinter Serien-Meister Buriram United und Vize-Meister Muangthong United.
Suphanburi FC traegt seine Heimspiele in Suphan Buri, Suphan Buri (Provinz), im Suphanburi Provincial Stadium (thailändisch: กีฬา กลาง จังหวัด สุพรณบุรี) aus. Das Stadion wurde 1947 eröffnet. Bei dem Stadion handelt es sich um ein Mehrzweckstadion. 2001 wurde das Stadion erweitert.
Nach dem Aufstieg 2013 wurde das Stadion erneut ausgebaut. Es wurde die nördliche Tribüne gebaut, da das Stadion zuvor nur drei Seiten hatte. Nach dem Ausbau, Sitz- und Stehplätze, war Platz für 25.000 Zuschauer. Gem. den Anforderungen der AFC wurde nach Ende der Saison 2015 das Dach der Haupttribüne renoviert. Seit Januar 2018 verfügt das Stadion nur noch über 15.000 Sitzplätze, da die Anforderungen der AFC durchgesetzt wurden. Die höchste Zuschauerresonanz mit 25.709 Zuschauern erzielte man am 4. April 2015, als man in der Thai Premier LeagueMuangthong United empfing und mit 2:1 bezwang.