Repetitive DNA

Als repetitive DNA bzw. repetitive DNA-Elemente werden DNA-Bereiche im Erbgut bezeichnet, deren Sequenz aus sich wiederholenden Abschnitten besteht. Hier soll eine Zusammenfassung und Übersicht der Bezeichnungen dargestellt werden, nähere Beschreibungen finden sich unter den Links.

Einteilung

Einteilung

Name	Abk.	Basenpaare	Wiederholungen
Satelliten-DNA		0002 – 0100	0010 – 1000
Short tandem repeat	STR	0002 – 0010	0010 – 1000
Mikrosatellit		0002 – 0004	0010 – 1000
Minisatellit		0010 – 0100	0004 – 0040
Long Terminal Repeat	LTR	0200 – 0600
Short interspersed nuclear element	SINE	0100 – 0500
Long interspersed nuclear element	LINE	6000 – 7000
Variable number tandem repeat	VNTR

Satelliten-DNA

Satelliten-DNA findet sich häufig in Zentromer und Telomerbereichen.

sehr kurze Abschnitte:

Short tandem repeats: Eine Abfolge von 2-10 Basenpaaren die sich 10 bis 1000 mal wiederholt.

Untergruppe der STRs: Mikrosatelliten 2-4 Basenpaare lang.

kurze Abschnitte:

Minisatelliten: Eine Abfolge von 10 bis 100 Basenpaaren, die sich 4-40 mal wiederholt.

SINEs und LINEs

SINEs und LINEs sind relativ gleichverteilt über die Chromosomen zu finden.

SINEs (Short interspersed nuclear elements) sind 100-500 Basenpaare lang, LINEs (Long interspersed nuclear elements) sind 6000–7000 Basenpaare lang.

CRISPR

In den meisten Prokaryoten befinden sich CRISPR-Abschnitte repetitiver DNA, die bis zu 1 % des Genoms ausmachen. Diese bilden einen Mechanismus, der dem Prokaryoten Immunität gegen Bakteriophagen und andere Fremd-DNA verschaffen kann.

Literatur

• Ussery, David W.; Wassenaar, Trudy; Borini, Stefano (22. Dezember 2008). Word Frequencies, Repeats, and Repeat-related Structures in Bacterial Genomes. Computing for Comparative Microbial Genomics: Bioinformatics for Microbiologists. Computational Biology 8 (1 ed.). Springer. ISBN 978-1-84800-254-8. S. 133–144.
• Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko, Lubert Stryer: Biochemie. 6 Auflage, Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg 2007. ISBN 978-3-8274-1800-5.
• Donald Voet, Judith G. Voet: Biochemistry. 3. Auflage, John Wiley & Sons, New York 2004. ISBN 0-471-19350-X.
• Bruce Alberts, Alexander Johnson, Peter Walter, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts: Molecular Biology of the Cell, 5. Auflage, Taylor & Francis 2007, ISBN 978-0815341062.