Benutzer:Dirk123456/Baustellenbaustelle 001/Baustelle-D/Baustelle-D.42

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Abschnitt „B.1.1.7-Linie oder VUI_–_202012/01“ | 20. Dez. 2020 - 3. Jan. 2021

Abschnitt „Artikel zu den Varianten von SARS-CoV-2“ | 24. Dez. 2020 - 13. Feb. 2021

Archiv 2021 / 1 von SARS-CoV-2

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Abschnitt „Herkunft Labor“ | 24. Mai - 1. Aug. 2021

Archiv, eigene Abschnitte
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Relevant

Abschnitt „SARS-CoV-2, ICTV-CSG, Schwesterklade“ | 21. Apr. 2021

Wenig relevant

Abschnitt „Benennung, Quellen und SARS-CoV-1“ | 15. Jun. 2021

Abschnitt „Ziffern, CoV, SARS und Vermeidung von Klammern“ | 22. Jun. 2021

Archiv 2021 / 2 von SARS-CoV-2

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Abschnitt „Charakteristik der Delta-Variante“ | 22. - 25. Juli -2021

Archiv, eigene Abschnitte, hier wenig relevant
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Abschnitt „Andere Coronaviren, Katzen und Impfen“ | 3. Aug. 2021

Abschnitt „BatCoV RaTG13, Anpassung von Text“ | 23. Aug. 2021

Abschnitt „Direkter Einzelnachweis für PubMed-ID 32284615“ | 29. - 30. Aug. 2021

Archiv, Beiträge anderer, Umbau hinsichtlich von Varianten
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Abschnitt „Vorschlag Strukturierung Abschnitt Virusvarianten“ | 31. Aug. - 2. Sep. 2021

Abschnitt „Abschnitt löschen? Variant under Investigation (VUI)“ | 2. - 10. Sep. 2021

Diskussion von SARS-CoV (nicht archiviert), eigene Abschnitte
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Diskussion:SARS-CoV#SARS-CoV, Anmerkungen, Taxonomie | 4. - 6. Mär. 2021

Diskussion:SARS-CoV#SARS-CoV, Quelle zum Bild ohne PHIL 6400 | 1. Apr. 2021

Diskussion:SARS-CoV#Zwei Referenzen zusammenfassen, Hu-etal2017 | 3. Apr. 2021

Diskussion:SARS-CoV#SARS-CoV, SARS-CoV-1, Einordnung und Benennung | 9. - 10. Apr. 2021

Diskussion:SARS-CoV#Belege, Themenabfolge, Abschn. Übertragung | 15. - 16. Apr. 2021

Diskussion:SARS-CoV#Quellen-Anpassung, arambaut nach PubMed-ID | 16. Jun. 2021

Systematik, Kladogramme und Einkürzungen

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Hallo, in diesem Beitrag geht es mir um eine grafische Darstellung (Kladogramm) zur Einordnung von Viren im Abschnitt „Merkmale“, die zwar übersichtlich ist, aber einige Hürden enthält und nicht besonders einfach gewartet werden kann.

Im Abschnitt „Systematik“ wird eine graphische Abbildung sichtbar, die sich nicht – wie sonst üblich – durch Lesende anklicken und zurückverfolgen lässt, um sich dann die Herkunft der Grafik und weitere Informationen in den Wikimedia Commons zu erschließen. Bei der Abbildung handelt es sich um ein Kladogramm, dessen Beschriftungen teilweise interaktiv verknüpft wurden (Verlinkung zu Wikipedia-Artikeln).

Wenn man sich den Wikitext ansieht, kann man erkennen, dass die Abbildung auf einer komplexen syntaktischen Konstruktion beruht, die zwischen den Überschriften „Merkmale“ und „Systematik“ eingefügt wurde. Ohne spezielle Kenntnisse ist da kein Weiterkommen, wenn die resultierende Abbildung abgeändert werden soll.

Die komplexe syntaktische Konstruktion

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Grundlage der Abbildung ist die Datei: „Systematik_Coronaviridae_SARS-CoV-2.png“, die als „Bildkarte“ (H:Bilder) im Quelltext (Wikitext) angegeben wurde (mithilfe von imagemap-Tags, Syntax: <imagemap> ... </imagemap>). Die Datei kann in der deutschen Wikipedia angezeigt werden (Datei:Systematik_Coronaviridae_SARS-CoV-2.png) und ist in den Wikimedia Commons nicht vorhanden. Unter dem Bildkarten- bzw. Imagemap-Bereich gibt es einen Kommentar-Bereich, wobei der Kommentar dort als Backup bezeichnet wurde und eine maskierte Vorlagenanwendung (H:Vorlagen) enthält. Die Vorlage, Vorlage:Kladogramm, würde mithilfe von Untervorlagen (Vorlage:Klade) eine komplex formatierte Tabelle generieren, die einem Kladogramm entspräche, wenn der entsprechende Quellcode aktiv wäre. Der Quellcode (Wikitext) ist aber nicht aktiv, da er „auskommentiert“ wurde, sodass die Vorlagen nicht eingebunden werden („auskommentierende Syntax“ bzw. maskierende Syntax: <!-- ... -->).

Das „Backup“ ist vermutlich der Quellcode, aus dem man das Bild (im PGN-Format) neu generieren könnte, und das „Imagemap“ bzw. die „Bildkarte“ sorgt dafür, dass man z. B. durch Mausklicks den Hyperlinks folgen kann, die entsprechende Wikipedia-Artikel anzeigen.

Inhaltliche Probleme

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In erster Linie geht es mir um eingekürzte Wörter, die zu Missverständnissen führen.

Das betrifft beispielsweise „Corona“, jenen Ausdruck, der die Wurzel im Kladogramm darstellt. „Corona“ bezieht sich dort auf die Familie Coronaviridae, was man aber erst dann sieht, wenn man auf die Bezeichnung klickt. Nun ist „Corona“ keine taxonomische Bezeichnung und auch keine offizielle Abkürzung. Im Gegenteil, das Wort „Corona“ gibt es schon als umgangssprachlichen Ausdruck zur Bezeichnung von alldem, was mit einer konkreten Seuche zu tun hat. „Corona“ ist kein Fachwort, aber ein praxisbezogener Ausdruck, der sozusagen als einheitlicher „Griff“ für einen Begriff dient, dessen Bedeutungsinhalt zwischen Virus und Krankheit nicht unterscheidet: Das Virus heißt eigentlich SARS-CoV-2, die Krankheit, die dadurch verursacht wird, heißt eigentlich COVID-19 und beides zusammen heißt umgangssprachlich „Corona“.

Das umgangssprachliche Wort „Corona“ bezieht sich nicht auf alle Viren der Familie Coronaviridae, auch wenn diese umgangssprachlich „Coronaviren“ genannt werden. Das Virus SARS-CoV, das heute auch SARS-CoV-1 genannt wird, verursachte in der Vergangenheit bspw. die Krankheit SARS und nicht die Krankheit COVID-19 alias „Corona“.

Ich habe die kürzeren Wörter im Kladogramm, die offensichtlich aus optischen und nicht aus sachlichen Gründen kürzer sind als die richtigen Wörter, als Einkürzungen und nicht als Abkürzungen bezeichnet.

Noch schwieriger als „Corona“ sind die Einkürzungen „Alphacorona“, „Betacorona“, „Gammacorona“ und „Deltacorona“, die als Ersatz für die Gattungen Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus und Deltacoronavirus im Kladogramm eingetragen wurden (in der Abbildung selbst nicht durchgestrichen). Der taxonomische Rang „Gattung“ befände sich in einer hierarchischen Einteilung ganz woanders, als das dies eine Variante von SARS-CoV-2 tun würde; bei beiden Gruppierungs-Kategorien werden aber griechische Buchstaben zur Unterscheidung der „einzelnen Komponenten“ verwendet. Wenn ich mich nicht mit all den Einteilungskategorien intensiv beschäftigt hätte und unter dieser Voraussetzung einen nach rechts gekippten „Corona-Baum“ gesehen hätte, würde ich anfangs vielleicht Folgendes denken:

  • Das neue Wort „Deltacorona“ steht vielleicht für eine spezielle Erkrankungsform, die nicht durch das „alte neue Virus“ SARS-CoV-2 direkt verursacht wird, sondern durch das „neue neue Virus“ „SARS-CoV-2 Variante Delta“.

Ich habe mich nicht getraut, im vorausgehenden Satz das durchgestrichene Wort nicht durchzustreichen und auch nicht, das „vielleicht“ wegzulassen, obwohl ich den Satz durch „würde ... vielleicht ... denken“ eingeleitet habe. Warum? Weil ich denke, dass die meisten Lesenden genau diese Voraussetzung mitbringen; sie studieren nicht vorher ein halbwegs zutreffendes Fach, z. B. Medizin oder Biologie, und sie spezialisieren sie sich in aller Regel nicht auf Virentaxonomie, nur um sich in der Wikipedia zu informieren. Da wird es anfangs sicher dankbar aufgenommen, wenn die Sachen übersichtlicher dargestellt werden, als sie es sind. So etwas führt aber schnell zu Frust, wenn zwei Vereinfachungen an verschieden Stellen nicht kompatibel sind und Lesende merken, dass sie am Ende das Puzzle nicht zusammengesetzt bekommen.

Es gibt im Kladogramm auch echte Abkürzungen, z. B. „SARSr-CoV“. Das ist keine eindeutige, offizielle Abkürzung für ein Taxon, sondern eher eine unverbindliche Vereinbarung, die häufig verwendet wird.

Das heißt, dass in wissenschaftlichen Publikationen zumeist ein erklärender Satz dazu steht, was ein einzelnes „SARSr-CoV“ genau dort sein soll oder/ und durch welche Merkmale die Gruppe der „SARSr-CoVs“ dort definiert wird. Da Forschende sich untereinander verstehen wollen, verwenden sie nach Möglichkeit die in einer vorausgehenden Veröffentlichung definierten Begriffe in gleicher oder ähnlicher Weise, wenn sie eine neue Arbeit publizieren. Nichtsdestotrotz wird eine neue Arbeit ja nicht deshalb veröffentlicht, weil dort der Erkenntnisstand von gestern zu lesen sein soll, sondern der aktuelle. Dazu werden, wenn möglich, die alten Ausdrücke beibehalten und die Bedeutungsinhalte gegebenenfalls angepasst.

Ausgeschriebenen wären die „SARSr-CoVs“ in Englisch „SARS-related coronaviruses“, was im Deutschen etwa „SARS-bezogene Coronaviren“ oder „SARS-assoziierte Coronaviren“ bedeuten würde. Heute bezieht sich „SARSr-CoVs“ zumeist auf eine Gruppe von Viren, die mehr oder weniger mit einem der beiden Taxa korrelieren soll:

Die letzte Aussage, das man zwei verschiedene taxonomische Ränge unterscheiden muss, erscheint anfangs nicht besonders plausibel. Da die genannte Untergattung bisher nur diese eine genannte Spezies hat, ist das Eine zumeist auch das Andere. Alle bisher eindeutig klassifizierten Viren, die der Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus angehören, gehören also auch zur Untergattung Sarbecovirus und andersherum.

Allerdings gibt es unvollständig klassifizierte Viren, die sozusagen „vorsortiert“ wurden und es könnten auch neue Viren gefunden werden, die zwar eng genug mit SARS-CoV verwandt sind, um zur gleichen Untergattung zu gehören („subgenus Sarbecovirus“), aber nicht zur gleichen Art („species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus“). In diesem Fall bliebe ein neu isolierter Virusstamm solange nicht klassifiziert, bis man sich die zuständige Arbeitsgruppe des ICVT („Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses“) entschließen würde, eine neue Untergattung zu definieren („subgenus“). Solange können Virolog*innen selten warten, wenn sie wissenschaftlich arbeiten wollen. Deswegen wird es neben offiziellen Fachbegriffen auch immer vorläufige Arbeitsbegriffe geben wird, die dort definiert werden müssen, wo sie gerade gebraucht werden.

Die Wikipedia ist aber – zumindest nach außen hin – kein Wissenschaftskongress, auf dem neue Ideen mit flüchtigen Wörtern als Arbeitshypothesen diskutiert werden, sondern eine Enzyklopädie. Deshalb können wir eigentlich nur solche Abkürzungen verwenden, die als solche erkannt werden können und irgendwo in der Enzyklopädie erklärt und ggf. dahin verknüpft werden.

Probleme mit der technischen Umsetzung

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Im Jahr 2019 wurde das Thema „Leichter mit Vorlagen arbeiten“ als Zwei-Jahres-Schwerpunkt für die Arbeit des Teams Technische Wünsche der Wikimedia Deutschland gewählt (WP: ... /Leichter mit Vorlagen arbeiten). Das Thema wurde aus meiner Sicht vor allem deshalb gewählt, weil sich Vorlagen mitunter nicht besonders flüssig in den Text integrieren lassen. Gerade in solchen Vorlagen, die viel können, wie das bspw. bei der Vorlage:Infobox Virus der Fall ist, findet man die Stelle nicht besonders einfach, an der man in einer Einbindung der Vorlage in einem Artikel etwas bearbeiten möchte. Noch komplizierter wird die Bearbeitung von Kladogrammen, die Artikel-Einbindungen der Vorlage:Kladogramm sind. Beide Vorlagen sind nicht einfach:

  • Das Eine (die Vorlage:Infobox Virus) ist u. A. deshalb kompliziert, weil die Parameter-Namen nicht immer den sichtbaren Bezeichnungen entsprechen, z. B. basiert der letztlich sichtbare Schriftzug „Art:“ auf dem Parameter „Spezies“
  • und das Andere (die Vorlage:Kladogramm) ist ist u. A. deshalb kompliziert, weil es stark verschachtelt ist, denn eine Untervorlage (die Vorlage:Klade) wird etliche Male eingebunden.

Gerade bei einem Kladogramm ist es de facto nicht möglich, den Visual Editor zu nutzen (WP:VE, H:VE), der als WYSIWYG-fähiges Schreibprogramm nützliche Dienste leisten könnte, um zu sehen, was man gerade in welchem Zweig des Kladogrammms tut.

Ich kenne das Problem mit den Kladogrammen; denn ich hatte im November 2016 mal ein solches im Artikel DNA-Methylierung eingefügt, das im September 2019 wieder herausgenommen wurde. Die Vorlage der ersten Version des Kladogramms gibt es nicht mehr (Vorlage:Clade; am 20. Nov. 2016 eingefügt: diff=159871407&oldid=159820865) und die Vorlage der letzten Einbindung in einer Artikel-Version war zu dem Zeitpunkt veraltet, als diese Einbindung aus dem Artikel entfernt wurde (Vorlage:Klade; am 24. Sep. 2019 aus dem Artikel entfernt: diff=192560784&oldid=188691727).

Insofern ist es nicht die schlechteste Idee, ein Kladogramm nicht im Artikel zu editieren, sondern irgendwo anders, und es als „fertiges Produkt“ innerhalb einer Grafik nur noch einzubinden.

Das Elend mit der Versionskontrolle bei Vorlagen wird in einer Bestandsaufnahme der Probleme zum Schwerpunkt „Leichter mit Vorlagen arbeiten“ deutlich:

  • „Ruft man eine alte Version eines Artikels auf, so wird er nicht mit den damaligen Versionen der genutzten Vorlagen angezeigt, sondern mit den aktuellen. Dadurch ist es nicht möglich, sicher zu sein wie der Artikel damals aussah.“ (am 11. Dez. 2019 so notiert, permanenter Link zum Abschnitt: oldid=194822419#Weitere_Probleme)

Das gilt leider auch für alles Andere, was eingebunden werden kann: Auch die Datei:Systematik_Coronaviridae_SARS-CoV-2.png wird in der Anzeige einer alten Artikelbearbeitung (z. B. derjenigen Artikelversion, die nach dem ersten Einfügen der Datei am 7.9.'21 vorlag (diff=215402210&oldid=215401295) nicht genau so aussehen wie zur Zeit der Bearbeitung, falls künftig eine neue Datei mit anderem Bildinhalt die alte im Artikel ersetzen würde, aber denselben Dateinamen trüge. Und auch hier in der Diskussion gibt es wahrscheinlich keinen Weg, einen permanenten Link auf die jetzige Version der Bilddatei zu setzen, sodass nach einer künftigen Änderung des Bildinhaltes kaum jemand wirklich wissen können wird, was in diesem Beitrag hier und heute genau gemeint ist.

Autoren und Quellen

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Als Quelle für das abgebildete Kladogramm wurde der Taxonomy Browser des NCBI angegeben, wobei die Referenz im Artikel SARS-CoV-2 gegenwärtig (12.10.'21: oldid=216306329) als Nr. 51. dargestellt wird; ungefähr so:

  • Systematik zu SARS-CoV-2 (Ausschnitt)[51]
  • 51. NCBI: taxonomy browser. Lineage: Viruses; Riboviria; Orthornavirae; Pisuviricota; Pisoniviricetes; Nidovirales; Cornidovirineae; Coronaviridae: Orthocoronavirinae. In: Taxonomy. ncbi.nlm.nih.gov, abgerufen am 29. August 2021 (englisch).

Am entsprechenden Webort sind unter ID 2501931 die Orthocoronavirinae gelistet (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Undef&id=2501931). Es sei hier angemerkt, dass das NCBI unter dieser Seite – wie unter allen anderen Seiten von „Taxonomy Browser“ – einen Haftungsausschluss platziert:

  • Disclaimer: The NCBI taxonomy database is not an authoritative source for nomenclature or classification - please consult the relevant scientific literature for the most reliable information.“ (letzte Prüfung: 12.10.'21)

Übersetzt würde das etwa so lauten:

  • Haftungsausschluss: Die NCBI-Taxonomiedatenbank ist keine maßgebliche Quelle für die Nomenklatur oder Klassifikation – bitte konsultieren Sie die einschlägige wissenschaftliche Literatur für die zuverlässigsten Informationen.

Letztes ist eine automatische Übersetzung mit Google Translate (Mitte Sep. 2021), die mit meiner weitestgehend übereinstimmt. Ich hatte zuvor ein paar Sachen etwas anders übersetzt, z. B. Folgendes:

  • „authoritative source“ mit „autorisierte Quelle“ (statt mit „maßgebliche Quelle“);
  • „relevant“ („... the relevant scientific literature ...“) mit „relevante“ (statt mit „einschlägige“);
  • „most reliable“ mit „glaubhaftesten“ (statt mit „zuverlässigsten“).

Wenn man sich die verwendeten Wörter und Ausdrücke ansieht, erkennt man, dass diejenigen beim NCBI und diejenigen, welche im Kladogramm sichtbar werden, nicht immer übereinstimmen, was – wie bereits erwähnt – an Einkürzungen liegt. Wenn man sich die verwendeten Strukturen zur Darstellung ansieht, dann ist beim NCBI ein hierarchisches Einteilungssystem als Liste vorhanden, ähnlich wie es bei Überschriften-Ebenen von Dokumenten angelegt wird, während beim Kladogramm Verzweigungen abgebildet werden. Wie dem auch sei, beim NCBI gibt es – zumindest auf der angegebenen Seite – keinen Stammbaum oder eine ähnliche Grafik.

Zusammenfassend lässt sich feststellen, dass einige Punkte dagegen sprechen, dass das NCBI die direkte Quelle und/ oder der Autor der Grafik im Wikipedia-Artikel sei:

Das NCBI

  • distanziert sich generell davon, eine maßgebliche Quelle für die Taxonomie zu sein,
  • verwendet vollständige Ausdrücke, die in der Grafik nicht vorkommen,
  • gibt keine Verzweigungen an,
  • verwendet keine Grafik, ist also auch nicht der Autor einer solchen.

Wenn ich in der Vergangenheit selbst eine Grafik brauchte, habe ich es bisher immer so gehandhabt, dass ich sie nach ihrer Erstellung als Autor in die Wikimedia Commons hochlud und „in Anlehnung an“ oder etwas Ähnliches angegeben habe, um die Beziehung zwischen dem „Illustrierenden“ (also mir) und der tatsächlichen Urheberin oder dem Urheber für die Information (zumeist Literaturverweis) anzugeben.

Die Urheberrechte und das alles sind eine verzwickte Geschichte. Ich musste schon einmal feststellen (engl. Wikipedia), dass es Probleme geben kann, wenn man sich sehr eng an einer Quelle orientiert („Close paraphrasing“).

Erste Überlegungen hinsichtlich einer Umsetzung

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Ich würde vorschlagen, die Abbildung als Erstes so lange zurückzustellen, bis eine verbesserte Variante fertiggestellt vorliegt. Wichtig wäre aus meiner Sicht:

  • dass die tatsächlichen Namen von Taxa usw. sichtbar werden, statt nur der Ein- und Abkürzungen und
  • dass die Herkunft (Quellen und Autoren) umfassender dargestellt werden.

Rein theoretisch würde es wahrscheinlich erst einmal reichen, die im Kladogramm vorhandenen vollständigen Ausdrücke zu nutzen, statt der eingekürzten, also z. B. |label1=[[Orthocoronavirinae]] statt |label1=[[Orthocoronavirinae|Orthocorona]]. Ich nehme aber an, dass sich dadurch das gesamte Imagemap-Link-Positionierungssystem verschiebt, sodass der Aufwand dafür doch relativ hoch wäre

Vielleicht wäre es gut, wenn all die Taxa – Familie, Unterfamilie, Gattung, Untergattung und Spezies – als Klassifizierungskategorien in der Abbildung ebenfalls erwähnt werden. Es gibt da nach meiner Beobachtung zwei Aspekte von Systematik, die zumeist unterschiedlich dargestellt werden:

  • Einordnung und Benennung (Nomenklatur und Klassifikation) – häufig als Liste, Tabelle u. Ä. veranschaulicht;
  • mögliche Abstammung (Phylogenetik) – häufig als Stammbaum, Kladogramm u. Ä. veranschaulicht.

Es gibt auch Mischvarianten der Darstellung, bei denen, z. B. in einem Kladogramm, in erster Linie die Abstammung und/ oder Distanzen dargestellt werden sollen, aber bestimmte Äste mit ihren Zweigen benannt und hervorgehoben werden. Das Eine – Nomenklatur und Klassifikation – ist „Wissenschaftsverwaltung“; das Andere – Phylogenetik – bildet häufig eher vorläufige Vorstellungen ab, wie sie sich durch die gerade zur Verfügungen stehenden wissenschaftlichen Methoden ergeben, mit den man diese Vorstellungen entwickeln kann. Das Eine soll Stabilität liefern, das Andere Fortschritt.

Das Dumme bei Viren ist, dass sie sich nicht an die „wissenschaftliche Vorgabe“ halten, gefälligst in monophyletischer Weise voneinander abzustammen. Wenn man alle Rekombinationsereignisse überhaupt kennen könnte, die stattgefunden haben, müsste man in einer Veranschaulichung verschieden dicke Querverbindungen zwischen den Zweigen einzeichnen, um das abzubilden. Eine Grafik würde so unübersichtlich werden, dass es keine „Veranschaulichung“ mehr wäre.

In der Virologie wird deshalb ein Kompromiss angewendet. Für die „Verwaltung“ von Wissenschaft werden Viren nur bis zur Art kategorisiert; unterhalb dieses kleinsten Taxons, „species“, gibt in der Virentaxonomie keine offizielle Einteilung. Das liegt wohl vor allem daran, dass die Auflösung hinsichtlich der Ähnlichkeit von Viren unterhalb der Art nicht ausreichen würde, um Stabilität bei Benennung und Einteilung zu liefern.

Daher hatte ich in der „Infobox Virus“ oben im Artikel, auch ein entsprechende Anmerkung bei der Rubrik „Unterart:“ eingefügt (21.4.'21: diff=211153593&oldid=211152668) und zuvor die Aussage diskutiert, dass es eigentlich keine Unterart gibt (21.4.'21: zur Überschrift: oldid=211152330#SARS-CoV-2, ICTV-CSG, Schwesterklade; zum konkreten Lesezeichen „Taxon als Kategorie: Unterart ist nicht genemigt“: ...004 ).

Was macht man da nun?

Ich denke, dass es wichtiger ist, die komplexen Verhältnisse verbal im Fließtext richtig (und dann leider auch etwas umständlich) wiederzugeben und lieber nicht zu viel Augenmerk darauf zu legen, etwas grafisch besonders einfach darstellen zu wollen, da es eben nicht einfach ist.

Wenn wir ehrlich sind, kann man mit den Vorlagen für Kladogramme keine maßstabgerechten Distanzen zeichnen, wie sie als genotypische Abstände mit entsprechenden Software-Werkzeugen in den relevanten Veröffentlichungen bei entsprechenden Abbildungen anzutreffen sind. Ich hatte auch schon überlegt, ob ich die Darstellungen zur Phylogenie von SARS-CoV-2 aus Abbildung Nr. 2 in der relevanten Arbeit der zuständigen Arbeitsgruppe des ICVT für die Benennung und Einteilung von diesem Virus nicht einfach abmale („Fig. 2: Phylogeny of coronaviruses.“ in CSG, Gorbalenya et al., 2. März 2020; https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z). Das habe ich dann aber – nach näherer Betrachtung – unterlassen, weil es mir doch zu komplex erschien.

Vielleicht ist eine Tabelle oder Liste, die direkt von der zuständigen Instanz kommt, als Quellenbezug geeigneter als ein Kladogramm. Die Veröffentlichung der jeweils aktuellen Virentaxonomie durch das ICVT basiert auf grundlegenden Listen, die jeweils „Master Species List“ (MSL) genannt werden. Die „MSLs“ erfahren wiederum Anpassungen, zumeist mehrere, die in Form herunterladbarer Tabellen angegeben werden.

Im Folgenden beschreibe ich nur wenige Tabellen (vor allem eine); eine umfassendere Darlegung meiner Recherche-Ergebnisse zur gegenwärtigen Virentaxonomie – zum Versions-Konzept des ICTV, zur Familie Coronaviridae, zum Ausdruck SARS-CoV-2 usw. – findet sich hier:

  • xxx

Die letzte Version ohne SARS-CoV-2 ist eine Tabelle vom 27. Nov. 2019. Die erste Version einer Tabelle mit SARS-CoV-2 ist vom 1. Mai 2020 und unterscheidet sich im Inhalt bezüglich der Coronaviridae nur wenig von der darauffolgenden am 1. Aug. 2020. Die drei bisherigen Versionen seit August 2020 unterscheiden sich de facto nicht. D. h., dass alle drei Tabellen (1. Aug. 2020; 18. Mai 2021; 20. Juli 2021) jeweils 49 Zeilen für die Familie der Coronaviridae haben und dort in fast allen Spalten identisch sind. Lediglich in einer Spalte variieren die Werte; diese Spalte („Species Sort“) enthält aber nur Indizes und ist dadurch für den Inhalt irrelevant. Die erste vollständige Version mit SARS-CoV-2, in der alles bisherige zusammengetragen wurde, ist also jene vom 1. Aug. 2020 (Prüfung: 12.10.'21).

Es böte sich als Grundlage einer Referenz also z. B. die Excel-DateiVMR 010820 MSL35.xlsx“ an, die die gesamte Virentaxonomie zum 1. Aug. 2020 zusammenfasst und die sich beim ICVT herunterladen lässt (https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/10312). Dort gibt es 49 Zeilen, die in der Spalte „Family“ (Familie) die Eintragung „Coronaviridae“ haben. Die 49 Virus-Isolate sind auf 46 „Species“ aufgeteilt, also auf 46 taxonomische Spezies (oder Virus-Arten). Nur für eine der 46 Spezies sind mehrere Isolate angegeben worden; das ist die Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus.

In der Tabelle findet man drei Spalten für die Bezeichnung einzelner Viren: „Virus name(s)“, „Virus name abbreviation(s)“ und „Virus isolate designation“. Bei den anderen 45 aufgeführten Spezies der Familie Coronaviridae (also außer bei der Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus) ist sozusagen „die Welt noch in Ordnung“: Jeder Art wurde genau ein Virus zugeordnet, so dass Benennungen (zumindest in der Tabelle) nicht kollidieren können. Für die 45 taxonomischen Spezies wurde in der Spalte „Exemplar or additional isolate“ immer ein „E“ eingetragen, da es dort, außer dem einen exemplarischen Isolat, keine weiteren Isolate gibt.

Bei der einen taxonomischen Spezies, Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, ist das anders, dort wurden bezüglich der laufenden Nummer für die Art (Spalte „Species Sort“: 4995) vier Viren ausgewählt, die in der Tabelle für das jeweilige Virus-Isolat die laufenden Nummern 1 bis 4 tragen (Spalte „Isolate Sort“). Hier fällt auf, dass einzelne Bestandteile von Benennungen durchaus mehrdeutig sind, wenn man sie nicht im Zusammenhang betrachtet. Die vier Isolate dieser Spezies habe ich deshalb als „SARS-CoV Tor2“, „SARS-CoV PC4-227“, „SARSr-CoV BtKY72“ und „SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1“ genannt. Die Schreibweisen, welche ich verwendet habe, sind in ähnlicher Form in englischen Publikationen (aber ohne Anführungszeichen) üblich; ich habe dafür die Bezeichnungen in zwei benachbarten Spalten, „Virus name abbreviation(s)“ und „Virus isolate designation“, zusammengefügt.

Nachfolgend stelle ich die vier Beispiele vor, die für die Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus in der Tabelle angegeben worden sind. Die ursprüngliche Reihenfolge {1; 2; 3; 4} ergibt sich durch eine alphabetische Sortierung; zur einfacheren Erklärung habe hier die Reihenfolge {1; 4; 2; 3} gewählt:

  • Die Zeile mit dem Virusisolat Nr. 1 (Spalten „Species Sort“: 4995; „Isolate Sort“: 1) würde sozusagen den „Typusstamm“ für die Art (Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus) darstellen, wenn es das in der Virentaxonomie gäbe. Nr. 1 ist das Isolat „SARS-CoV Tor2“ (Spalten „Virus name abbreviation(s)“: SARS-CoV; „Virus isolate designation“: Tor2), das von einem Virus stammt, welches SARS ausgelöste, ein Coronavirus ist, in Toronto (Kanada) isoliert und mit 2 nummeriert wurde. Zumindest lässt sich Letztes so zusammensetzen, wenn man sich die GenBank-Zugriffsnummer (Spalte „Virus GENBANK accession“: AY274119) unter https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AY274119 ansieht (dort angegebene Publikation: PMID 15020242).
  • Die Zeile mit dem Virusisolat Nr. 4 (Spalten „Species Sort“: 4995; „Isolate Sort“: 4) präsentiert ein Virus, das dem SARS-verurachenden Virus sehr ähnlich ist, nur dass es woanders herkommt, als von einem erkrankten Menschen. Die Nr. 4 ist das Isolat „SARS-CoV PC4-227“ (Spalten „Virus name abbreviation(s)“: SARS-CoV; „Virus isolate designation“: PC4-227), das von einem Virus stammt, welches SARS verursachen könnte, ein Coronavirus ist und aus einer Schleichkatze als Wirt isoliert wurde, die in Englisch „Palm civet“ genannt wurde. Das Isolat stammt aus einer mit 4 gekennzeichneten Untersuchungsgruppe und wurde mit der Nummer 227 adressiert. Zumindest lässt sich das so zusammenstzen, wenn man sich die GenBank-Zugriffsnummer (Spalte „Virus GENBANK accession“: AY613950) unter https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AY613950 ansieht und der Angabe zur Publikation folgt (PMID 15695582).
  • Die Zeile mit dem Virusisolat Nr. 2 (Spalten „Species Sort“: 4995; „Isolate Sort“: 2) präsentiert ein Virus, das lediglich mit dem SARS-verursachenden Virus verwandt ist. Die Nr. 2 ist das Isolat „SARSr-CoV BtKY72“ (Spalten „Virus name abbreviation(s)“: SARSr-CoV; „Virus isolate designation“: BtKY72), das von einem Virus stammt, welchen mit der Krankheit SARS nicht im direkten Zusammenhang steht, aber mit dem SARS-verursachenden Virus verwandt ist (engl. „SARS-related“) und dadurch natürlich auch ein Coronavirus ist. Das Isolat stammt von einem Fledertier (engl. „bat“) aus Kenia (engl. „Kenya“) und hat die Nummer 72 zugewiesen bekommen. Das wird mithilfe der GenBank-Zugriffsnummer (Spalte „Virus GENBANK accession“: KY352407) unter https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KY352407 und der dort angegebenen Publikation sichtbar (PMID 31296683).
  • Die Zeile mit dem Virusisolat Nr. 3 (Spalten „Species Sort“: 4995; „Isolate Sort“: 3) präsentiert ein Virus, das beim Menschen eine Krankheit verursacht, die SARS ähnlich ist (nämlich COVID-19). Die Nr. 3 ist das Isolat „SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1“ (Spalten „Virus name abbreviation(s)“: SARS-CoV-2; „Virus isolate designation“: Wuhan-Hu-1), das von einem Virus stammt, das ebenfalls ein schweres akutes Atemwegssyndrom (engl. Severe Acute Respiratory Syndrome) hervorruft. Als Coronavirus ist es das 2. innerhalb derselben taxonomischen Spezies (Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus), in der auch dasjenige Virus eingeordnet wird, welches die zuerst als SARS bezeichnete Krankheit verursacht hatte. Das entsprechende Isolat von SARS-CoV-2 wurde in der Stadt Wuhan, die in der Provinz Hubei liegt (VR China), von einem erkrankten Patienten gewonnen und mit 1 nummeriert. Das wird mithilfe der GenBank-Zugriffsnummer (Spalte „Virus GENBANK accession“: MN908947) unter https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947 und der dort angegebenen Publikation sichtbar (PMID 32015508).

Der abgekürzte Namen „SARS-CoV“ ( Spalte „Virus name abbreviation(s)“ ) trifft also gleichzeitig auf zwei Zeilen zu, sowohl für Nr. 1 als auch für Nr. 4 (Spalte „Isolate Sort“). Als ausgeschriebener Virusnamen wurde aber in dem einen Fall, für Nr. 1, „severe acute respiratory syndrome coronavirus“ angegeben und in dem anderen Fall, für Nr. 4, „SARS coronavirus“ ( Spalte „Virus name(s)“ ). In dem einen Fall wurde der Virusnamen des Isolates also ausgeschrieben und in dem anderen Fall wurde der Virusnamen des Isolates vorn abgekürzt und hinten ausgeschrieben. Solche scheinbaren Unstimmigkeiten sind durch die unterschiedliche Nutzung verschiedener Benennungen zu verschiedenen Zeiten entstanden, die mehr oder weniger freigestellt war. Die beiden Ausdrücke „severe acute respiratory syndrome coronavirus“ und „SARS coronavirus“ dienen also mitnichten einer gezielten Unterscheidung: In GenBank wurde in beiden Fällen „SARS coronavirus“ angegeben (siehe AY274119 für Nr. 1 und AY613950 für Nr. 4).

Unterhalb des Taxons „species“ hat sich das ICTV nur selten eingemischt, wenn es um Benennungen ging; ein solcher Fall war die Benennung und Klassifikation von SARS-CoV-2 durch die Arbeitsgruppe für Coronaviridae. In der Veröffentlichung dazu wird in Abbildung 1 die Willkürlichkeit bei den verwendeten Namen unterhalb der Art bei Viren und bei Menschen verglichen („Fig. 1: Taxonomy of selected coronaviruses.“ in CSG, Gorbalenya et al., 2. März 2020; https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z).

In dieser Abbildung wird dargestellt („Fig. 1: Taxonomy of selected coronaviruses.“), dass es sowohl in der Virologie als auch in der Zoologie taxonomische Systeme gibt und dass diese sich zum Teil ähneln. In der Virentaxonomie gibt es die „Familie“ als Rang, z. B. Coronaviridae, und in der zoologischen Taxonomie auch, z. B. die Familie Hominidae. Bei beiden Beispielen reicht die „taxonomische Leiter“ nur bis zur Art nach unten, bei der Familie Coronaviridae z. B. bis zur Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus und bei der Familie Hominidae (auch Familie Menschenaffen genannt) bis zur Beispiel-Spezies Homo sapiens. Während für die eine „Leiter“ gar keine „tiefere Sprosse“ als die Spezies definiert wurde (die Virentaxonomie wendet generell kein solches Taxon an), könnte die andere „Leiter“ prinzipiell unterhalb der Spezies eine weitere „Sprosse“ aufweisen, nämlich das Taxon Unterart. Bei der Spezies Homo sapiens, dem Menschen, wird der taxonomische Rang „Unterart“ aber meist nicht angewendet; vermutlich ist das ein Grund für die Auswahl des Beispiels in der Abbildung („Fig. 1: Taxonomy of selected coronaviruses.“). Laut der Abbildung gäbe des unterhalb der „Species“ keinen Rang, sondern nur das „Individuum“, z. B. „SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1“ bei den Viren und „Marie Curie“ bei den Menschen.

Diese Einteilung in Individuen hilft aber nicht weiter, wenn man innerhalb einer Art Gemeinsamkeiten und Unterschiede auseinander halten muss. Dadurch hat sich so etwas wie ein „Quasi-Standard“ für eine „benennende Gruppierung“ innerhalb der Untergattung Sarbecovirus bzw. innerhalb der Art Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus herausgebildet:

  • „SARS-CoV“ und „SARS-CoV-1“ meinen „das Virus“, das beim Menschen SARS ausgelöst hat oder dies auslösen könnte,
  • „SARS-CoV-2“ meint „das Virus“, das beim Menschen COVID-19 ausgelöst hat oder dies auslösen könnte und
  • „SARSr-CoVs“ sind alle die Viren, die als eng verwandt mit „SARS-CoV“ gelten, aber (zumindest bisher) weder die Krankheit SARS noch ein anderes schweres Atemwegssyndrom beim Menschen ausgelöst haben.

Diese Untergruppierung in der Benennung richtet sich also in erster Linie nach Pathogenität für den Menschen. Die Frage besteht, wo bei einem solchem „System“ die Einzahl aufhört und wo die Mehrzahl anfängt. Sind „SARS-CoV Tor2“ und „SARS-CoV PC4-227“ zwei „SARS-CoVs“? Oder könnte man sogar SARS-CoV_Tor2, SARS-CoV_PC4-227 und SARS-CoV-2_Wuhan-Hu-1 zusammen als „SARS-CoVs“ bezeichnen, weil all diese Stämme oder Isolate irgendetwas mit „severe acute respiratory syndrome“ zu tun haben? Wären SARS-CoV_Tor2 (löste SARS aus) und SARS-CoV-2_Wuhan-Hu-1 (löste COVID-19 aus) auch „SARSr-CoVs“, weil sie als „SARS-Coronaviren“ sozusagen auch gleichzeitig „SARS-verwandte Coronaviren“ wären? Die andere Benennung, SARS-CoV-1, macht eine Unterscheidung manchmal einfacher; aber auch hier kann man sich fragen, ob bspw. SARS-CoV_PC4-227 (Isolat aus einer Schleichkatze, „Palm civet“) wirklich nachträglich als SARS-CoV-1_PC4-227 bezeichnet werden sollte.

Auf die Frage, was SARS-CoV-2 eigentlich sein soll, antworte die zuständige Arbeitsgruppe, dass dieses Virus sich in einer Klade befände – irgendwas mit „Prototyp“, „SARS-CoVs“ und einer „Schwesterklade“ (CSG, Gorbalenya et al., 2. März 2020; https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z).

Ich hatte dazu bereits mehrere Übersetzungen im Abschnitt „SARS-CoV-2, ICTV-CSG, Schwesterklade“ präsentiert (unter dem Lesezeichen „Klade als Kategorie: SARS-CoV-2 und Schwesterklade“ — im Archiv: ...Archiv/2021/2#...005 | Bearbeitung in der Disk am 21.4.'21: ...oldid=211152330#Dirk123456.2021-0421.Anm-Klade.p1a-e5d.005).

Ein Problem bei diesen Übersetzungen bzw. beim Verständnis des entsprechenden Satzes war, dass der Ausdruck „SARS-CoV” bisher nur im Zusammenhang mit dem Menschen und mit einer Schleichkatze als dem jeweiligen Virus-Wirt genutzt wurde, der Ausdruck „SARS-CoVs“ aber als Bezeichnung von Viren dienen sollten, die beim Menschen und bei Fledertieren vorkommen. Bei einem Virus-Isolat aus einem Fledertier wurde eigentlich bisher (auch in der zitierten Arbeit) bevorzugt „SARSr-CoV“ als Kennung benutzt.

Ich stelle mir das Geschriebene, schematisch umgesetzt, ungefähr so vor:

      P.1
P.0    
    P.2
     

Es gäbe danach einen gemeinsamen Vorfahren für beide Viren, sowohl für dasjenige Virus, welches SARS verursachen kann, als auch für dasjenige Virus, welches COVID-19 verursachen kann. Dieser gedachte, gemeinsame Vorfahr wird in meinem Schema Prototyp Null bzw. P.0 genannt. Irgendwann kam es zu einem Mutationsereignis, welches zu einer Trennung führte, sodass zwei Linien entstanden. Der erste Vorfahr in der einen Linie, hier Prototyp Eins bzw. P.1 genannt, wäre sozusagen ein „Urvater“ bzw. eine „Urmutter“ von z. B. SARS-CoV_Tor2 (einem SARS-Erreger), aber nicht von z. B. SARS-CoV-2_Wuhan-Hu-1 (einem COVID-19-Erreger). Der erste Vorfahr in der anderen Linie, hier Prototyp Zwei bzw. P.2 genannt, wäre sozusagen ein „Urvater“ bzw. eine „Urmutter“ von z. B. SARS-CoV-2_Wuhan-Hu-1 (einem COVID-19-Erreger), aber nicht von z. B. SARS-CoV_Tor2 (einem SARS-Erreger).

Die beiden „Urmütter“ (P.1 und P.2) würden danach also eine gemeinsame „Mutter“ (P.0) haben und wären somit sozusagen „Schwestern“. Es gäbe also zwei „Familienzweige“ – Schwesterkladen eben.

Nun ist zu bedenken, dass Viren ganz ohne geschlechtliche Fortpflanzung ein beeindruckendes Rekombinations-Verhalten an den Tag legen, welches den Versuch, monophyletische Schemata für eine Veranschaulichung zu nutzen, ohnehin als grobe Vereinfachung dastehen lässt. Obwohl die zuständige Arbeitsgruppe in ihrer Veröffentlichung herausgearbeitet hatte, dass die genotypischen Abstände von Viren weder hundert prozentig mit den befallenen Wirtstieren, noch mit den ausgelösten Krankheiten zur Deckung gebracht werden können und obwohl dargestellt wurde, das Benennungen selten einheitlich sind, hat die Arbeitsgruppe versucht, in der Zusammenfassung vieles in einem Satz zu vereinen (CSG, Gorbalenya et al., 2. März 2020; https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z).

Es gibt jetzt zwei halbwegs taugliche Einteilungssysteme für SARS-CoV-2:

  • Die klassische Virentaxonomie, danach ist SARS-CoV-2 etwas, das in die Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus gehört, die ihrerseits eindeutig in den höheren Taxa eingeordnet werden kann (Klassifikation).
  • Das PANGOLIN-System und andere Systeme, mit denen man SARS-CoV-2-Varianten, ausgehend vom sogenannten SARS-CoV-2-Wildtyp, zuordnen kann.

Zwischen diesen beiden Systemen, also zwischen

  • einer Art von „äußerer Systematik“ (klassische Virentaxonomie) auf der einen Seite, die vom Realm Riboviria bis zur Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus reicht, und
  • einer Art von „innerer Systematik“ (PANGOLIN-System) auf der anderen Seite, die von den SARS-CoV-2-Wildtypen zu all den SARS-CoV-2-Varianten reicht,

gibt es eine Lücke. Diese Lücke ließe sich vielleicht durch eine Kopie der Abbildung 2 füllen („Fig. 2: Phylogeny of coronaviruses.“ in CSG, Gorbalenya et al., 2. März 2020; https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z). Zumindest ist das entsprechende Werk frei verfügbar, wie dortselbst steht:

  • Rights and permissions — Open Access This article is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License, which permits use, sharing, adaptation, distribution and reproduction in any medium or format, as long as you give appropriate credit to the original author(s) and the source, provide a link to the Creative Commons license, and indicate if changes were made. The images or other third party material in this article are included in the article’s Creative Commons license, unless indicated otherwise in a credit line to the material. If material is not included in the article’s Creative Commons license and your intended use is not permitted by statutory regulation or exceeds the permitted use, you will need to obtain permission directly from the copyright holder. To view a copy of this license, visit http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/.
  • Automatische Übersetzung (Google Translate, https://translate.google.com/, 21.9.'21): Rechte und Berechtigungen — Open Access Dieser Artikel ist unter einer Creative Commons Attribution 4.0 International License lizenziert, die die Verwendung, Weitergabe, Anpassung, Verteilung und Vervielfältigung in jedem Medium oder Format erlaubt, solange Sie den/die ursprünglichen Autor(en) angemessen nennen. und der Quelle, geben Sie einen Link zur Creative Commons-Lizenz an und geben Sie an, ob Änderungen vorgenommen wurden. Die Bilder oder anderes Material von Drittanbietern in diesem Artikel sind in der Creative Commons-Lizenz des Artikels enthalten, sofern nicht anders in einer Kreditlinie für das Material angegeben. Wenn Material nicht in der Creative Commons-Lizenz des Artikels enthalten ist und Ihre beabsichtigte Verwendung durch gesetzliche Vorschriften nicht zulässig ist oder die zulässige Verwendung überschreitet, müssen Sie die Erlaubnis direkt vom Urheberrechtsinhaber einholen. Um eine Kopie dieser Lizenz anzuzeigen, besuchen Sie http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/.

Ich habe die Übersetzung mit Absicht nicht nachbearbeitet, da Rechtsfragen im Detail nicht zu meinen Kompetenzfeldern zählen. Ich glaube aber, dass es in die Wikipedia Commons hochladbar ist, da die Bilder oder anderes Material nicht von Drittanbietern stammen und somit in der Creative Commons-Lizenz des Artikels enthalten sein müssten.

Vorerst präsentiere ich hier einen „abgemalten“ Ausschnitt aus der Abbildung. Einer der Zweige der Original-Abbildung „Fig. 2c“ wird hier mithilfe einer „Wikitabelle“ (H:Tabellen) sehr ungefähr nachgestellt:

       
   
  SARS-CoV BtKY72  
         
    SARS-CoV-2  
         
            SARSr-CoV RaTG13  
         
      SARS-CoV PC4-227  
         
      SARS-CoV  
     
    Bat Hp-BetaCoV  
   
   
       

Ein Vorteil einer solchen Darstellung – nur eben besser: z. B. als Kopie des Originals (Fig. 2c) – wäre, dass die Schwesterkladen zu erkennen wären. Man könnte weiterhin anhand einer solchen Abbbildung ganz gut veranschaulichen, dass die beiden virulenten Viren, die rot hervorgehoben worden sind, kaum zwei alleinige Unterarten innerhalb der potentiell pathogenen Art bilden können. Die beiden äußeren Kladen (links) stellen verschiedene eng verwandte Spezies innerhalb derselben Gattung Betacoronavirus dar, die – wäre es die originale Abbildung (Fig. 2c) – rechts nebenstehend zu sehen wären. Sowohl hier als auch in Fig. 2c sind in der oberen Klade fünf Isolate bzw. Stämme der Spezies ◆ Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus zu sehen, in der darunter befindlichen Klade wird ein Isolat der Spezies ◆ Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang2013 abgebildet.

In der originalen Arbeit wurden zusätzlich genauere Angaben gemacht, um vor allem die Genomsequenzen bei GenBank für eine genaue Zuordnung verwendeten Isolate zu präsentiertieren; z. B. in dieser Form:

  • SARS-CoV, AY274119.3; SARS-CoV-2, MN908947.3; SARSr-CoV_BtKY72, KY352407.1; SARS-CoV_PC4-227, AY613950.1.

Die fünf Viren ◆ SARS-CoV (AY274119.3: Isolat Tor2), ◆ SARS-CoV_PC4-227 (AY613950.1), ◆ SARS-CoV-2 (MN908947.3: Isolat Wuhan-Hu-1), ◆ SARSr-CoV_RaTG13 und ◆ SARSr-CoV_BtKY72 gehören zur Spezies ◆ Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus. Der Stamm ◆ „Bat Hp-BetaCoV“ gehört zu einer anderen Spezies, die ◆ Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang2013 heißt. In Fig. 2c ist ◆ Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang2013 die am engsten verwandte Spezies zu ◆ Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus. Beide Spezies befinden sich in derselben Gattung, Betacoronavirus, aber in verschiedenen Untergattungen.

Die taxonomischen Listen des ICTV

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Versionskonzept des ITCV und „Master Species List“

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Das ICTV (übersetzt: das Internationale Komitee für die Taxonomie von Viren) wendet ein Verfahren zur Bekanntgabe von Virentaxonomie an, dass im Wesentlichen auf Versionen von Dokumenten und Listen beruht. Dazu wird gegenwärtig als zentraler Webort:

genutzt. Es gibt verschieden Begriffe, die Versionskontrolle bedingen sollen. So ist von Veröffentlichungen bzw. Releases („ICTV Taxonomy Release“), von Hauptlisten für Arten („Master Species List“) und von Aktualisierungen („Updates“) die Rede. Dabei bezieht sich eine Aktualisierung bspw. auf die Genehmigung bei einem Online-Treffen – z. B.: „... approved during EC 52, Online meeting, October 2020; ...“ – und auf die Ratifizierung mithilfe von Emails – z. B.: „Email ratification March 2021 (MSL #36)“.

Am Ende können ◆ Dokumente (z. B. MS Excel, *.docx; *.pdf), ◆ Arbeitsmappen (MS Excel, *.xlsx) und ◆ alle möglichen anderen Dateien heruntergeladen werden (z. B. ZIP- und HTML-Dateien).

Es ist nicht ganz einfach, die verschiedenen Versionsmarkierungen: ◆ Kalenderjahre, ◆ Kalenderdatums-Angaben und ◆ laufende Nummern in Deckung zueinander zu bringen, um zu wissen, was man vor sich hat.

Es gibt sogar ein „Hilfsmittel“, das einer Diashow ähnelt und das es ermöglichen soll, auf das „richtige Dia“ zu klicken, wenn dieses Dia gerade gezeigt wird (https://talk.ictvonline.org/files/master-species-lists/m/msl/slideshow).

Gegenwärtig (Oktober 2021) steht auf der Hauptseite Folgendes: ◆ „NEW: ICTV Taxonomy Release #36: 2020“ (übersetzt: ◆ „NEU: Freigabe zur ICTV-Taxonomie Nr. 36: 2020“) und weiter: ◆ „The new 2020 ICTV taxonomy is now available online at https://ictv.global/taxonomy. The new Master Species List #36 is available for download as an Excel Spreadsheet.“ (übersetzt: ◆ „Die neue ICTV-Taxonomie 2020 ist ab sofort online unter https://ictv.global/taxonomy verfügbar. Die neue Meisterliste der Spezies Nr. 36 steht als Excel-Tabelle zum Download bereit.“)

Das unterstrichene „Excel Spreadsheet“ führt zu folgender Adresse mit folgendem Text, wobei die Ansicht hier etwas angepasst wurde:

https://talk.ictvonline.org/files/master-species-lists/m/msl/12314
ICTV Master Species List 2020.v1     [ Download ]

New MSL including all taxa updates since the 2019 release

Updates approved during EC 52, Online meeting, October 2020; Email ratification March 2021 (MSL #36)

May 18, 2021     3,571 Downloads ...

Die Abkürzung „EC 52“ steht für das 52. jährliche Treffen des Exekutivausschusses – „Executive Committee“. Das lässt sich bspw. einem „Newsletter“ entnehmen (heruntergeladene Datei: „ICTV Newsletter-17 12-2020.pdf“, unmittelbarer Download durch: https://talk.ictvonline.org/information/newsletters/m/newsletters/10978).

Im Allgemeinen wird wohl jedes Jahr im Herbst eine Tagung vom Exekutivausschuss des ICTV durchgeführt, was dann zu einem Release (zu einer Freigabe) hinsichtlich der Virentaxonomie führt, wobei die Ratifizierung per E-Mail jeweils im folgenden Frühjahr erfolgt. Das Release wird dem Kalenderjahr der Tagung zugeordnet und die ratifizierte Liste – die „Master Species List“ (MSL) – erhält eine laufende Nummer.

Im oben beschriebenen Fall wurde im Oktober 2020 beim 52. jährlichen Treffen des Exekutivausschusses die 2020-er Freigabe der Virentaxonomie beschlossen, die alle Änderungen bezüglich der 2019-er Freigabe berücksichtigen soll. Im März 2021 wurde die entsprechende Liste ratifiziert, die „Master Species List“ Nr. 36 (MSL #36).

Im Jahr 2018 wurden auf der Basis des „EC 50“ (des 50. jährlichen Treffen des Exekutivausschusses) zwei Listen der Kategorie „Master Species List“ (MSL) entwickelt. Die erste Liste – mit „MSL #33“, „2018a“ oder „2018 v1“ adressierbar – wurde im selben Jahr (Okt. 2018) verabschiedet. Die zweite Liste – mit „MSL #34“, „2018b“ oder „2018.v2“ adressierbar – wurde Anfang des nächsten Jahres (Feb. 2019) ratifiziert. In den Folgejahren gab es bisher jeweils genau ein grundsätzliches Release bzw. eine dem jeweiligen Release zugeordnete „Master Species List“. Zu jeder grundsätzlichen, Release-gebundenen „Master Species List“-Datei gibt es eine oder mehrere Dateien, die die konkreten Informationen enthalten und ggf. aktualisierten Versionen darstellen. Die grundsätzlichen „Master Species List“-Dateien und konkreten Versionen stehen an verschiedenen Orten:

Unter „Virus Metadata Resource“ konnte ich 17 Tabellen-Dateien finden, die ich eingehend untersucht habe.

Untersuchung der 17 letzten Versionen

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Mindestens von September bis Oktober 2021 konnten (oder können) unter https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr genau 17 Versionen von taxonomischen Listen gefunden werden, die sich auf das Konzept „Master Species List“ (MSL) beziehen. Diese 17 Listen, die sämtlich als MS-Excel-Dateien formatiert waren (oder sind), hatte ich mir im September 2021 heruntergeladen.

Als Versionsnummer jeder Liste wurde im Web auf der Übersichtsseite (https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr), bzw. auch auf jeder einzelnen Downloadseite, das jeweilige Kalenderdatum angegeben. Die heruntergeladenen Dateien trugen im Namen ebenfalls ein Datum; die Benennung der Dateien erfolgte aber nicht ganz einheitlich. So wurde im Allgemeinen ein sechsstelliges Tag-Monat-Jahr-Format verwendet, aber in mindestens einem Fall nicht. Deshalb habe ich für jede Datei (bzw. für jeder Version) einen Sortierschlüssel aus vier Teilen vergeben, um sie besser zuordnen zu können. Ich habe aus den Excel-Tabellen den jeweiligen „Coronaviridae-Bereich“ heraus kopiert und genauer untersucht.

Durch den Vergleich aller 17 Versionen habe ich festgestellt, dass der entscheidende Unterschied für die Einordnung von SARS-CoV-2 derjenige ist, der zwischen zwei benachbarten Listen-Versionen besteht. Die letzte Version ohne Erwähnung von SARS-CoV-2 datiert vom Ende des Jahres 2019 (27. Nov. 2019) und ihre Nachfolger-Version, in welcher SARS-CoV-2 erstmalig erwähnt wird, datiert von Anfang des Jahres 2020 (1. Mai 2020)

Für die ältesten vier Versionen (Aug. 2017 bis Jan. 2018) wurden vom ICTV keine Nummern für die sogenannte „Master Spezies List“ (MSL) angegeben, für die späteren 13 Versionen (März 2018 bis Juli 2021) wurden die „Master Species List“-Nummern 32 bis 36 verwendet. Für drei Versionen wurde MSL #32 angegeben (März bis Juli 2018), für eine Version MSL #33 (Dez. 2018), für fünf Versionen MSL #34 (März bis Nov. 2019), für zwei Version MSL #35 (Mai bis Aug. 2020) und für zwei Versionen MSL #36 (Mai bis Juli 2021). Während die „Master Spezies List“-Nummern der acht Versionen vor 2019 nicht eineindeutig einem Kalenderjahr zugeordnet wurden, folgen die „Master Spezies List“-Nummern der bisherigen neun Versionen ab 2019 jeweils genau einem Kalenderjahr (MSL34↔2019; MSL35↔2020; MSL36↔2021).

Ich habe die Versionen nach den ersten genaueren Untersuchungen als drei Böcke betrachtet: ◆ Vor 2019, ◆ In 2019 und ◆ Nach 2019.

◆ Vor 2019 gab es unterschiedliche Tabellenstrukturen. Anfangs wurde für jede Gattung eine Typ-Spezies angegeben („Type species“) und weiterhin wurde der Tabellenbereich für die einzelnen Isolate zu den Spezies vom Bereich der Taxa abgetrennt und durch die Spalte „Exemplar“ angeführt. Im Jahr 2018 wurde die alte Rubrik „Exemplar“ auf „Exemplar or Additional“ geweitet, um prinzipiell weitere Isolate und Stämme innerhalb einer Spezies aufnehmen können. Eine Version (Mai 2018) enthielt sowohl die Spalte „Type species“ (für die Angabe einer Typart zur jeweiligen Gattung) als auch die Spalte „Exemplar or Additional“ (zur Angabe von „E“ oder „A“ für das exemplarische Isolat bzw. weitere Isolate). Ab Juli 2018 taucht die Spalte „Type species“ nicht mehr auf. Im Zeitraum vor 2019 können Fehler gefunden werden, so sind z. B. Einträge in Zellen der Spalte „subfamiliy“ (Text „Coronavirinae“) in mehreren Versionen um eine Zeile verschoben anzutreffen.

Die Spezies, um die es hier geht, hieß sowohl in der ersten Version (Aug. 2017) als auch in der letzten (Dez. 2018) des betrachteten Zeitraums Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus. Das Taxon selbst wurde im Spaltenkopf mal als „species“ und mal als „Species“ geschrieben. Die Einordnung erfolgte in das „genus“ bzw. „Genus“ Betacoronavirus. Für das „exemplarische Virus“ ist in beiden Fällen in der Zeile mit der Spezies ein „E“ eingetragen worden, entweder in der Spalte „Exemplar“ oder in der Spalte „Exemplar (E) or additional isolate (A)“. In beiden Versionen wurden dieselben Sequenz-Zugriffsnummern angegeben („AY274119“ und „NC_004718“ in den Spalten „Virus GENBANK accession“ bzw. „Virus REFSEQ accession“) und es wurde dieseIbe Isolatbezeichnung verwendet („TOR2“ in der Spalte „Virus designation“ bzw. in der Spalte „Virus isolate designation“). Auch die beiden Abkürzungen „SARSCoV“ [Aug. 2017, Spalte „Virus name abbreviation(s)“] und „SARS-CoV“ [Dez. 2018, Spalte „Virus name abbreviation (s)“] ähneln sich. Der vollständige Namen für das Virus könnte also „severe acute respiratory syndrome coronavirus“ lauten, wenn man sich die beiden Abkürzungen und die anderen Angaben zum Isolat ansieht, es wurde aber in beiden Versionen „severe acute respiratory syndrome-related coronavirus“ als vollständiger Namen verwendet [Aug. 2017: Spalte „Virus name(s)“; Dez. 2018: Spalte „Virus name (s)“].

◆ In 2019 wurde in der ersten Version (März 2019) gegenüber der letzte Version des vorhergehenden Jahres (Dez. 2018) eine Art „Primarschlüssel“ eingefügt, der aus zwei Spalten bestand: „Species sort“ und „Isolate sort“. Alle fünf Versionen in 2019 beziehen sich auf die „Master Species List #34“ (MSL34). Die Tabellenstrukturen der ersten und der letzten (5.) Version im Jahr 2019 bzw. bezüglich MSL34 sind nahezu identisch; die letzte Version (Nov. 2019) hat lediglich eine Spalte mehr („Host/Source“), die die erste Version (März 2019) nicht hat. Inhaltlich wurden keine augenscheinlichen Unterschiede zwischen den fünf Versionen hinsichtlich der 39 Zeilen zur „Family Coronaviridae“ gefunden.

Das „Genus Betacoronavirus“ hat in allen fünf Versionen 12 Zeilen, die 12 Spezies (Spalte „Species“) enthalten und in 5 Untergattungen bzw. Subgenera (Spalte „Subgenus“) vorkommen. Für die erste und letzte (5.) Version im Jahr 2019 habe ich zudem geprüft, dass die Anzahlen der vorkommenden Taxa innerhalb der Coronaviridae gleich ist: „Family“: 1 (Coronaviridae); „Subfamily“: 2 (Letovirinae; Orthocoronavirinae); „Genus“: 5 (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus); „Subgenus“:24 (Milecovirus .. Igacovirus); „Species“: 39 (Microhyla letovirus 1 .. Avian coronavirus). Die Spalte „Exemplar or additional isolate“ wurde in allen 39 Zeilen mit „E“: und nicht mit „A“ ausgefüllt.

Für die jeweils einzelne Zeile mit der hier relevanten Spezies wurden in allen fünf Versionen in 2019 dieselben Werte gefunden: „Species“: „Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus“; „Exemplar or additional isolate“: „E“; „Virus name(s)“: „severe acute respiratory syndrome-related coronavirus“; „Virus name abbreviation(s)“: „SARS-CoV“; „Virus isolate designation“: „TOR2“; „Virus GENBANK accession“: „AY274119“; „Virus REFSEQ accession“: „NC_004718“;

◆ Nach 2019 wurde als Zeitraum für das erste Auftreten von SARS-CoV-2 in den taxonomischen Listen gefunden. Die vier Versionen, zwei mit der Kennung MSL35 (Mai und Aug. 2020) und zwei mit der Kennung MSL36 (Mai und Juli 2021), unterscheiden sich de facto nicht innerhalb der jeweils 49 Zeilen zu „Family Coronaviridae“. Der große Unterschied hinsichtlich der Zeilen zu „Family Coronaviridae“ in den vier Versionen ab 2020 gegenüber den Versionen davor besteht darin, dass mehrere Zeilen für eine einzelne Spezies verwendet wurden, nämlich für Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus.

Die 49 Zeilen zu „Family Coronaviridae“ waren in jeder Version mit 17 Zeilen zu „Genus Betacoronavirus“ vertreten. Die 17 Zeilen zur Gattung Betacoronavirus (Spalte „Genus“) enthielten in allen vier Versionen jeweils insgesamt fünf Subgenera (bzw. fünf Untergattungen, Spalte „Subgenus“), 14 taxonomischen Spezies (Spalte „Species“) und 17 Virus-Isolate. Von diesen 17 Virus-Isolaten waren in jeder Version 14 mit „E“ und drei mit „A“ in der Spalte „Exemplar or additional isolate“ gekennzeichnet, also in derjenigen Rubrik, welche eine von zwei Möglichkeiten der Beziehung des Isolats hinsichtlich der zugehörigen Spezies präsentieren soll.

  • Taxa, Ränge und Anzahlen innerhalb von 49 Coronaviridae-Zeilen:   „Family“: 1 (Coronaviridae);   „Subfamily“: 2 (Letovirinae; Orthocoronavirinae);   „Genus“: 5 (Alphaletovirus; ...; Gammacoronavirus);   „Subgenus“: 26 (Milecovirus; ...; Igacovirus);   „Species“: 46 (Microhyla letovirus 1; ...; Duck coronavirus 2714).
  • Einzelne Viren (Virus-Isolate), Einordnung bezüglich der zugeordneten Spezies innerhalb von 49 Coronaviridae-Zeilen:   „Exemplar or additional isolate“ – {E46;  A3}.
Vergleich, davor und danach
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Seit 2020 werden also 46 taxonomische Spezies innerhalb der Familie Coronaviridae gelistet, wobei bisher für genau eine Spezies mehrere Virusisolate angegeben werden, während für die anderen 45 Spezies jeweils nur ein Virus-Isolat angegeben wird. Im Gegensatz dazu wurde vor 2020 für jede taxonomische Spezies innerhalb der Familie Coronaviridae genau ein Virus-Isolat angegeben.

Man kann die Angaben, die vor der Registrierung von SARS-CoV-2 gemacht wurden („Davor“-Versionen), mit jenen Angaben vergleichen, die nach der Einordnung dieses Virus in entsprechenden Listen auftauchen („Danach“-Versionen). Dabei stellt man fest, dass für einen solchen Vergleich

  • für die Zeit „davor“ – also vor dem Ausbruch der Seuche und der Benennung des Verursachers – nur eine, nämlich die letzte Version ohne SARS-CoV-2, relevant ist (Nov. 2019),
  • während für die Zeit „danach“ – also nach Ausbruch der Seuche und der Benennung des Verursachers – alle vier bisherigen Versionen von Listen mit SARS-CoV-2 in Frage kommen (Mai; Aug. 2020; Mai; Juli 2021).

Die vier bisherigen „Danach“-Versionen unterscheiden sich – zumindest thematisch betrachtet – inhaltlich kaum voneinander. Es gibt nur wenige Unterschiede in jenem Bereich von 49 Zeilen, der innerhalb der „Danach“-Versionen die Familie Coronaviridae abbildet. Die erste „Danach“-Version (Mai 2020) enthielt noch nicht alle Referenzsequenzen von Genomen (Spalte „Virus REFSEQ accession“) und für eine Spezies (Spalte „Species“: „Pipistrellus kuhlii coronavirus 3398“) fehlten die Angaben für das entsprechende Isolat. Die folgenden drei „Danach“-Version (Aug. 2020; Mai 2021; Juli 2021) unterscheiden sich im 49-Zeilen-Bereich der Familie Coronaviridae lediglich in den Index-Nummern der beiden Sortierspalten („Species Sort“, „Isolate Sort“), aber nicht in allen anderen Angaben. Somit wäre gegenwärtig die zweite „Danach“-Version (Aug. 2020) die erste, die sich für einen direkten Vergleich mit der letzten „Davor-Version“ (Nov. 2019) anböte.

x – a b – y

Vierteiliger Sortierschlüssel für die 17 taxonomischen Listen:

  1. Eigentlicher Sortierschlüssel, Muster (RegEx): „m/S\d{5,5}“ – „S“ für Sortierschlüssel (Sortkey) und Angabe einer fünfstelligen Nummer; die aus der vier- bis fünfstellige Nummer in der URL: „... talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/{Nummer}“ abgeleitet und dazu ggf. mit einer führenden „0“ aufgefüllt wurde.
  2. Datum, Muster: „_YYYY-MM-DD“ – Kalenderdatum der jeweiligen Version als „Jahr-Monat-Tag“.
  3. Listennummer, Muster (RegEx): „m/_(MSL3[2-6]|noMSL)/“ – Angabe von „Master Species List“ (MSL), Nummern 32 bis 36, oder von „noMSL“, wenn am Webort keine Nummer angegeben wurde.
  4. Monat, Muster: „-Mon“ – Angabe des Monats als abgekürztes englisches Wort.

Tabelle mit „Virus Metadata Repository“-Angaben, Download-Orten und Dateinamen:

Sortierschlüssel Beschriftung, Virus Metadata Repository... Weborte für die einzelnen Downloads, https... Dateinamen
S13175_2021-07-20.MSL36-Jul Virus Metadata Repository: version July 20, 2021; MSL36 https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/13175 VMR 200721 MSL36.xlsx
S12323_2021-05-18.MSL36-May Virus Metadata Repository: version May 18, 2021; MSL36 https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/12323 VMR 180521 MSL36.xlsx
S10312_2020-08-01.MSL35-Aug Virus Metadata Repository: version August 1, 2020; MSL35 https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/10312 VMR 010820 MSL35.xlsx
S09603_2020-05-01.MSL35-May Virus Metadata Repository: version May 1, 2020; MSL35 https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/9603 VMR 010520 MSL35.xlsx
S09341_2019-11-27.MSL34-Nov Virus Metadata Repository: version November 27, 2019; MSL34 https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/9341 VMR 271119 34.xlsx
S09234_2019-09-09.MSL34-Sep Virus Metadata Repository: version September 9, 2019; MSL34 https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/9234 VMR 160919 MSL34.xlsx
S08287_2019-06-01.MSL34-Jun Virus Metadata Repository: version June 1, 2019; MSL34 https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/8287 VMR 190601 MSL34.xlsx
S08284_2019-05-19.MSL34-May Virus Metadata Repository: version May 19, 2019; MSL34 https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/8284 VMR 190519 MSL34.xlsx
S08277_2019-03-22.MSL34-Mar Virus Metadata Repository: version March 22, 2019; MSL34 https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/8277 VMR 220319 MSL34.xlsx
S08011_2018-12-20.MSL33-Dec Virus Metadata Repository: version December 20, 2018; MSL33 https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/8011 VMR 201218 MSL33.xlsx
S07466_2018-07-20.MSL32-Jul Virus Metadata Repository: version July 20, 2018; MSL32 https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/7466 VMR 200718 MSL32.xlsx
S07235_2018-05-11.MSL32-May Virus Metadata Repository: version May 11, 2018; MSL32 https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/7235 VMR 110518.MSL32.xlsx
S07187_2018-03-21.MSL32-Mar Virus Metadata Repository: version March 21, 2018; MSL32 https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/7187 VMR-210318.MSL32.xlsx
S07096_2018-01-29.noMSL-Jan Virus Metadata Repository: version January 29, 2018 https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/7096 VMR 290118.xlsx
S07087_2018-01-03.noMSL-Jan Virus Metadata Repository: version January 3, 2018 https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/7087 VMR 030118.xlsx
S07019_2017-11-08.noMSL-Nov Virus Metadata Repository: version November 8, 2017 https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/7019 VMR 081117.xlsx
S07012_2017-08-01.noMSL-Aug Virus Metadata Repository: version August 1, 2017 https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/7012 VMR.v010817.xlsx

Tabelle mit den unterschiedlichen Kalenderdatums-Formaten in den Namen heruntergeladener Dateien:

Sortierschlüssel Lfd. Nr. Dateinamen Datums-Format für die Versionsangabe im Dateinamen
S13175_2021-07-20.MSL36-Jul 17 VMR 200721 MSL36.xlsx DDMMYY
S12323_2021-05-18.MSL36-May 16 VMR 180521 MSL36.xlsx DDMMYY
S10312_2020-08-01.MSL35-Aug 15 VMR 010820 MSL35.xlsx DDMMYY
S09603_2020-05-01.MSL35-May 14 VMR 010520 MSL35.xlsx DDMMYY
S09341_2019-11-27.MSL34-Nov 13 VMR 271119 34.xlsx DDMMYY
S09234_2019-09-09.MSL34-Sep 12 VMR 160919 MSL34.xlsx DDMMYY; spätere Angabe eines Datums im Dateinamen als für das Versionsdatum in der Beschreibung (7 Tage Unterschied)
S08287_2019-06-01.MSL34-Jun 11 VMR 190601 MSL34.xlsx YYMMDD; einzige Version mit eindeutiger Datumsangabe in genau diesem Format
S08284_2019-05-19.MSL34-May 10 VMR 190519 MSL34.xlsx DDMMYY oder YYMMDD; das Format lässt sich nicht genau ableiten, da "19" auf das Jahr und den Tag zutrifft
S08277_2019-03-22.MSL34-Mar 9 VMR 220319 MSL34.xlsx DDMMYY
S08011_2018-12-20.MSL33-Dec 8 VMR 201218 MSL33.xlsx DDMMYY
S07466_2018-07-20.MSL32-Jul 7 VMR 200718 MSL32.xlsx DDMMYY
S07235_2018-05-11.MSL32-May 6 VMR 110518.MSL32.xlsx DDMMYY
S07187_2018-03-21.MSL32-Mar 5 VMR-210318.MSL32.xlsx DDMMYY
S07096_2018-01-29.noMSL-Jan 4 VMR 290118.xlsx DDMMYY
S07087_2018-01-03.noMSL-Jan 3 VMR 030118.xlsx DDMMYY
S07019_2017-11-08.noMSL-Nov 2 VMR 081117.xlsx DDMMYY
S07012_2017-08-01.noMSL-Aug 1 VMR.v010817.xlsx DDMMYY

Tabelle mit den Beschreibungen der einzelnen Inhalte im Überblick:

Sortierschlüssel Lfd. Nr. Dateinamen Inhalt
S13175_2021-07-20.MSL36-Jul 17 VMR 200721 MSL36.xlsx Für MSL36, 2. Version („VMR 200721 MSL36.xlsx“). „Coronaviridae“: 49 Zeilen; „Betacoronavirus“: 17 Zeilen.

„Statistik“ für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 14; „Exemplar or additional isolate“: 17; „E“: 14; „A“: 3.

„Statistik“ für die Coronaviridae-Zeilen: „Family„ (Coronaviridae ): 1; „Subfamily„ (Letovirinae; Orthocoronavirinae): 2; „Genus„ (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus): 5; „Subgenus„ (Milecovirus .. Igacovirus): 26; „Species„ (Microhyla letovirus 1 .. Duck coronavirus 2714): 46; „Exemplar or additional isolate„  – E: 46; A: 3.

S12323_2021-05-18.MSL36-May 16 VMR 180521 MSL36.xlsx Für MSL36, 1. Version („VMR 180521 MSL36.xlsx“). „Coronaviridae“: 49 Zeilen; „Betacoronavirus“: 17 Zeilen.

„Statistik“ für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 14; „Exemplar or additional isolate“: 17; „E“: 14; „A“: 3.

„Statistik“ für die Coronaviridae-Zeilen: „Family„ (Coronaviridae ): 1; „Subfamily„ (Letovirinae; Orthocoronavirinae): 2; „Genus„ (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus): 5; „Subgenus„ (Milecovirus .. Igacovirus): 26; „Species„ (Microhyla letovirus 1 .. Duck coronavirus 2714): 46; „Exemplar or additional isolate„  – E: 46; A: 3.

S10312_2020-08-01.MSL35-Aug 15 VMR 010820 MSL35.xlsx Für MSL35, 2. (letzte) Version („VMR 010820 MSL35.xlsx“). „Coronaviridae“: 49 Zeilen; „Betacoronavirus“: 17 Zeilen.

„Statistik“ für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 14; „Exemplar or additional isolate“: 17; „E“: 14; „A“: 3.

„Statistik“ für die Coronaviridae-Zeilen: „Family„ (Coronaviridae ): 1; „Subfamily„ (Letovirinae; Orthocoronavirinae): 2; „Genus„ (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus): 5; „Subgenus„ (Milecovirus .. Igacovirus): 26; „Species„ (Microhyla letovirus 1 .. Duck coronavirus 2714): 46; „Exemplar or additional isolate„  – E: 46; A: 3.

S09603_2020-05-01.MSL35-May 14 VMR 010520 MSL35.xlsx Für MSL35, 1. Version („VMR 010520 MSL35.xlsx“). „Coronaviridae“: 49 Zeilen; „Betacoronavirus“: 17 Zeilen.

„Statistik“ für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 14; „Exemplar or additional isolate“: 17; „E“: 14; „A“: 3.

„Statistik“ für die Coronaviridae-Zeilen: „Family„ (Coronaviridae ): 1; „Subfamily„ (Letovirinae; Orthocoronavirinae): 2; „Genus„ (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus): 5; „Subgenus„ (Milecovirus .. Igacovirus): 26; „Species„ (Microhyla letovirus 1 .. Duck coronavirus 2714): 46; „Exemplar or additional isolate„  – E: 46; A: 3.

S09341_2019-11-27.MSL34-Nov 13 VMR 271119 34.xlsx Für MSL34, 5. (letzte) Version („VMR 271119 34.xlsx“): „Coronaviridae“: 39 Zeilen; „Betacoronavirus“: 12 Zeilen.

„Statistik“ für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 12; „Exemplar or additional isolate“: 12; „E“: 12; „A“: 0.

„Statistik“ für die Coronaviridae-Zeilen: „Family„ (Coronaviridae ): 1; „Subfamily„ (Letovirinae; Orthocoronavirinae): 2; „Genus„ (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus): 5; „Subgenus„ (Milecovirus .. Igacovirus): 24; „Species„ (Microhyla letovirus 1 .. Avian coronavirus): 39; „Exemplar or additional isolate„  – E: 39; A: 0.

S09234_2019-09-09.MSL34-Sep 12 VMR 160919 MSL34.xlsx Für MSL34, 4. Version („VMR 160919 MSL34.xlsx“): „Coronaviridae“: 39 Zeilen; „Betacoronavirus“: 12 Zeilen.

„Statistik“ für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 12; „Exemplar or additional isolate“: 12; „E“: 12; „A“: 0.

S08287_2019-06-01.MSL34-Jun 11 VMR 190601 MSL34.xlsx Für MSL34, 3. Version („VMR 190601 MSL34.xlsx“): „Coronaviridae“: 39 Zeilen; „Betacoronavirus“: 12 Zeilen.

„Statistik“ für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 12; „Exemplar or additional isolate“: 12; „E“: 12; „A“: 0.

S08284_2019-05-19.MSL34-May 10 VMR 190519 MSL34.xlsx Für MSL34, 2. Version („VMR 190519 MSL34.xlsx“): „Coronaviridae“: 39 Zeilen; „Betacoronavirus“: 12 Zeilen.

„Statistik“ für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 12; „Exemplar or additional isolate“: 12 – “E“: 12; „A“: 0.

S08277_2019-03-22.MSL34-Mar 9 VMR 220319 MSL34.xlsx Für MSL34, 1. Version („VMR 220319 MSL34.xlsx“): „Coronaviridae“: 39 Zeilen; „Betacoronavirus“: 12 Zeilen.

„Statistik“ für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 12; „Exemplar or additional isolate“: 12 – “E“: 12; „A“: 0.

„Statistik“ für die Coronaviridae-Zeilen: „Family„: 1; „Subfamily„: 2; „Genus„: 5; „Subgenus„: 24; „Species„: 39; „Exemplar or additional isolate„ – E: 39; A: 0.

S08011_2018-12-20.MSL33-Dec 8 VMR 201218 MSL33.xlsx Änderung von Anzahlen: Coronaviridae-Zeilen: 39; Betacoronavirus-Zeilen: 12. Für Betacoronavirus werden 12 „species“ angegeben, die Rubrik „Type species“ wird nicht aufgeführt. Die Rubrik „Exemplar (E) or additional isolate (A)“ enthält für die Coronaviridae-Zeilen ausschließlich „E“.
S07466_2018-07-20.MSL32-Jul 7 VMR 200718 MSL32.xlsx Änderung der Typ-kennzeichnenden Rubriken. Der Fehler wurde korrigiert (Zeilen für Coronavirinae-Einträge in „subfamiliy“). Coronaviridae-Zeilen: 39; Betacoronavirus-Zeilen: 9. Für Betacoronavirus werden 9 „species“ angegeben, die Rubrik „Type species“ wird nicht mehr aufgeführt. Die alte Rubrik „Exemplar“ wurde bereits in der Vorversion auf „Exemplar or Additional“ geweitet, aber für die 39 Coronaviridae-Zeilen wurde nur „E“ angewendet (kein „A“).
S07235_2018-05-11.MSL32-May 6 VMR 110518.MSL32.xlsx Änderung der Typ-kennzeichnenden Rubriken. Kein offensichtlicher inhaltlicher Unterschied zur Vorgänger-Version; gleicher Fehler wie dort (verutschte Zeilen für Coronavirinae-Einträge in „subfamiliy“). Typ-kennzeichnende Spalten: „Exemplar or additional isolate“ (keine Spalte „Type species“). Typ-kennzeichnende Spalten: „Type species“ (letztmalig) und „Exemplar or Additional“ (erstmalig, statt nur „Exemplar „). Für das „genus Betacoronavirus„: „Type species Murine coronavirus„.

Es ist genau eine Zeile für die hier relevante Spezies vorhanden, „VMR 110518.MSL32.xlsx“: {... „species„: „Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus„; „Type species„: „0“;  —/leere Spalte/—  “Exemplar or Additional„: „E“; „Virus name(s)„: „severe acute respiratory syndrome-related coronavirus“; „Virus name abbreviation(s)„: „SARSCoV“; „Virus GENBANK accession„: „AY274119“; „Virus REFSEQ accession„: „NC_004718“; „Virus sequence complete„: „Complete genome“; „Virus designation„: „TOR2“; „SG Apprv„: „0“; „sort„: „1“}.

S07187_2018-03-21.MSL32-Mar 5 VMR-210318.MSL32.xlsx Dem Wesen nach kein offensichtlicher Unterschied zur Vorgänger-Version. Allerdings wurde ein Fehler gefunden: In der Spalte „subfamiliy“ sind die Coronavirinae-Einträge um eine Zeile verrutscht.
S07096_2018-01-29.noMSL-Jan 4 VMR 290118.xlsx Kein offensichtlicher Unterschied zur Vorgänger-Version.
S07087_2018-01-03.noMSL-Jan 3 VMR 030118.xlsx Kein offensichtlicher Unterschied zur Vorgänger-Version.
S07019_2017-11-08.noMSL-Nov 2 VMR 081117.xlsx Kein offensichtlicher Unterschied zur Vorgänger-Version.
S07012_2017-08-01.noMSL-Aug 1 VMR.v010817.xlsx Coronaviridae-Zeilen: 39; Betacoronavirus-Zeilen: 9. Für Betacoronavirus werden 9 „species“ angegeben. Die „Type species“ soll „Murine coronavirus„ sein. Die Rubrik „Exemplar“, „E“ gibt es bereits. „A“, wie „additional isolate“, wurde noch nicht angewendet.
Tabellen u. a. Material
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Tabellenausschnitt aus „VMR 010820 MSL35.xlsx“
A B O P Q R S T U V W
4989 1 Betacoronavirus Merbecovirus Middle East respiratory syndrome-related coronavirus E Middle East respiratory syndrome-related coronavirus MERS-CoV HCoV-EMC JX869059 NC_019843
4995 1 Betacoronavirus Sarbecovirus Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus E severe acute respiratory syndrome coronavirus SARS-CoV Tor2 AY274119 NC_004718
4995 2 Betacoronavirus Sarbecovirus Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus A severe acute respiratory syndrome-related coronavirus SARSr-CoV BtKY72 KY352407
4995 3 Betacoronavirus Sarbecovirus Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus A severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 MN908947 NC_045512
4995 4 Betacoronavirus Sarbecovirus Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus A SARS coronavirus SARS-CoV PC4-227 AY613950

Aus "VMR 010820 MSL35.xlsx"

Verkürzte Spalten-Beschriftungen:

  • E or A isol. = Exemplar or additional isolate
  • Name(s) = Virus name(s)
  • Name abbr. = Virus name abbreviation(s)
  • Isolate design. = Virus isolate designation
  • GENBANK acc. = Virus GENBANK accession
  • REFSEQ acc. = Virus REFSEQ accession
Species Sort Isolate Sort Genus Subgenus Species E or A isol. Name(s) Name abbr. Isolate design. GENBANK acc. REFSEQ acc.
4982 1 Betacoronavirus Embecovirus Betacoronavirus 1 E human coronavirus OC43 HCoV_OC43 ATCC VR-759 AY585228 NC_006213
4983 1 Betacoronavirus Embecovirus China Rattus coronavirus HKU24 E betacoronavirus HKU24 ChRCoV_HKU24 HKU24-R05005I KM349742 NC_026011
4984 1 Betacoronavirus Embecovirus Human coronavirus HKU1 E human coronavirus HKU1 HCoV_HKU1 HKU1 AY597011 NC_006577
4985 1 Betacoronavirus Embecovirus Murine coronavirus E murine hepatitis virus MHV A59 AY700211 NC_048217
4986 1 Betacoronavirus Embecovirus Myodes coronavirus 2JL14 E Myodes rufocanus vole coronavirus 2/JL2014 MrufCoV_2JL14 KY370046 NC_046954
4987 1 Betacoronavirus Hibecovirus Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang2013 E bat Hp-betacoronavirus/Zhejiang2013 Bat_Hp-BetaCoV Zhejiang2013 KF636752 NC_025217
4988 1 Betacoronavirus Merbecovirus Hedgehog coronavirus 1 E hedgehog coronavirus 1 EriCoV 2012-174/GER/2012 KC545383 NC_039207
4989 1 Betacoronavirus Merbecovirus Middle East respiratory syndrome-related coronavirus E Middle East respiratory syndrome-related coronavirus MERS-CoV HCoV-EMC JX869059 NC_019843
4990 1 Betacoronavirus Merbecovirus Pipistrellus bat coronavirus HKU5 E pipistrellus bat coronavirus HKU5 Pi-BatCoV_HKU5 LMH03f EF065509 NC_009020
4991 1 Betacoronavirus Merbecovirus Tylonycteris bat coronavirus HKU4 E tylonycteris bat coronavirus HKU4 Ty-BatCoV-HKU4 B04f EF065505 NC_009019
4992 1 Betacoronavirus Nobecovirus Eidolon bat coronavirus C704 E Eidolon helvum bat coronavirus CMR704-P12 Ei-BatCoV_C704 MG693168 NC_048212
4993 1 Betacoronavirus Nobecovirus Rousettus bat coronavirus GCCDC1 E rousettus bat coronavirus Ro-BatCoV_GCCDC1 GCCDC1 356 KU762338 NC_030886
4994 1 Betacoronavirus Nobecovirus Rousettus bat coronavirus HKU9 E rousettus bat coronavirus HKU9 Ro-BatCoV_HKU9 BF_005I EF065513 NC_009021
4995 1 Betacoronavirus Sarbecovirus Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus E severe acute respiratory syndrome coronavirus SARS-CoV Tor2 AY274119 NC_004718
4995 2 Betacoronavirus Sarbecovirus Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus A severe acute respiratory syndrome-related coronavirus SARSr-CoV BtKY72 KY352407
4995 3 Betacoronavirus Sarbecovirus Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus A severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 MN908947 NC_045512
4995 4 Betacoronavirus Sarbecovirus Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus A SARS coronavirus SARS-CoV PC4-227 AY613950

Zusätzliches Material

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Entwurf einer Tabelle

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Familie Virus
  • E/ A: „Exemplar or additional isolate“ – Exemparisches Isolat für die Spezies oder zusätzliches Isolat;
  • Abgekürzter Name für das Virus;
  • Bezeichnung des Virus-Isolats.
Unterfamilie
Gattung
Untergattung
Spezies
E/ A Abgekürzter Name Isolat
Coronaviridae
Letovirinae
Alphaletovirus
Milecovirus
Microhyla letovirus 1
E MLeV
Orthocoronavirinae
Alphacoronavirus
Decacovirus
Bat coronavirus HKU10
E BtCoV HKU10 183A
Duvinacovirus
Human coronavirus 229E
E HCoV_229E 229E
Setracovirus
Human coronavirus NL63
E HCoV_NL63 Amsterdam I
NL63-related bat coronavirus strain BtKYNL63-9b
E BtKYNL63 BtKYNL63-9b
Tegacovirus
Alphacoronavirus 1
E TGEV PUR46-MAD
Betacoronavirus
Embecovirus
Betacoronavirus 1
E HCoV_OC43 ATCC VR-759
Human coronavirus HKU1
E HCoV_HKU1 HKU1
Hibecovirus
Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang2013
E Bat_Hp-BetaCoV Zhejiang2013
Merbecovirus
Hedgehog coronavirus 1
E EriCoV 2012-174/GER/2012
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus
E MERS-CoV HCoV-EMC
Pipistrellus bat coronavirus HKU5
E Pi-BatCoV_HKU5 LMH03f
Tylonycteris bat coronavirus HKU4
E Ty-BatCoV-HKU4 B04f
Nobecovirus
Eidolon bat coronavirus C704
E Ei-BatCoV_C704
Sarbecovirus
Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus
E SARS-CoV Tor2
A SARS-CoV PC4-227
A SARSr-CoV BtKY72
A SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1
Deltacoronavirus
Andecovirus
Wigeon coronavirus HKU20
E WiCoV_HKU20 9243
Gammacoronavirus
Brangacovirus
Goose coronavirus CB17
E BcanCoV_CB17
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Tabelle mit den Kalenderdatums-Formaten und Eigenschaften

Sortierschlüssel Dateinamen Kalenderformat Inhalt
S13175_2021-07-20.MSL36-Jul VMR 200721 MSL36.xlsx DDMMYY Für MSL36, 2. Version ("VMR 200721 MSL36.xlsx"). „Coronaviridae“: 49 Zeilen; „Betacoronavirus“: 17 Zeilen.

Statistik für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 14; „Exemplar or additional isolate“: 17; „E“: 14; „A“: 3.

Statistik für die Coronaviridae-Zeilen: „Family“ (Coronaviridae ): 1; „Subfamily“ (Letovirinae; Orthocoronavirinae): 2; „Genus“ (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus): 5; „Subgenus“ (Milecovirus .. Igacovirus): 26; „Species“ (Microhyla letovirus 1 .. Duck coronavirus 2714): 46; „Exemplar or additional isolate“  – E: 49; A: 3.

S12323_2021-05-18.MSL36-May VMR 180521 MSL36.xlsx DDMMYY Für MSL36, 1. Version ("VMR 180521 MSL36.xlsx"). „Coronaviridae“: 49 Zeilen; „Betacoronavirus“: 17 Zeilen.

Statistik für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 14; „Exemplar or additional isolate“: 17; „E“: 14; „A“: 3.

Statistik für die Coronaviridae-Zeilen: „Family“ (Coronaviridae ): 1; „Subfamily“ (Letovirinae; Orthocoronavirinae): 2; „Genus“ (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus): 5; „Subgenus“ (Milecovirus .. Igacovirus): 26; „Species“ (Microhyla letovirus 1 .. Duck coronavirus 2714): 46; „Exemplar or additional isolate“  – E: 49; A: 3.

S10312_2020-08-01.MSL35-Aug VMR 010820 MSL35.xlsx DDMMYY Für MSL35, 2. (letzte) Version ("VMR 010820 MSL35.xlsx"). „Coronaviridae“: 49 Zeilen; „Betacoronavirus“: 17 Zeilen.

Statistik für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 14; „Exemplar or additional isolate“: 17; „E“: 14; „A“: 3.

Statistik für die Coronaviridae-Zeilen: „Family“ (Coronaviridae ): 1; „Subfamily“ (Letovirinae; Orthocoronavirinae): 2; „Genus“ (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus): 5; „Subgenus“ (Milecovirus .. Igacovirus): 26; „Species“ (Microhyla letovirus 1 .. Duck coronavirus 2714): 46; „Exemplar or additional isolate“  – E: 49; A: 3.

S09603_2020-05-01.MSL35-May VMR 010520 MSL35.xlsx DDMMYY Für MSL35, 1. Version ("VMR 010520 MSL35.xlsx"). „Coronaviridae“: 49 Zeilen; „Betacoronavirus“: 17 Zeilen.

Statistik für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 14; „Exemplar or additional isolate“: 17; „E“: 14; „A“: 3.

Statistik für die Coronaviridae-Zeilen: „Family“ (Coronaviridae ): 1; „Subfamily“ (Letovirinae; Orthocoronavirinae): 2; „Genus“ (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus): 5; „Subgenus“ (Milecovirus .. Igacovirus): 26; „Species“ (Microhyla letovirus 1 .. Duck coronavirus 2714): 46; „Exemplar or additional isolate“  – E: 49; A: 3.

S09341_2019-11-27.MSL34-Nov VMR 271119 34.xlsx DDMMYY Für MSL34, 5. (letzte) Version ("VMR 271119 34.xlsx"): „Coronaviridae“: 39 Zeilen; „Betacoronavirus“: 12 Zeilen.

Statistik für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 12; „Exemplar or additional isolate“: 12; „E“: 12; „A“: 0.

Statistik für die Coronaviridae-Zeilen: „Family“ (Coronaviridae ): 1; „Subfamily“ (Letovirinae; Orthocoronavirinae): 2; „Genus“ (Alphaletovirus .. Gammacoronavirus): 5; „Subgenus“ (Milecovirus .. Igacovirus): 24; „Species“ (Microhyla letovirus 1 .. Avian coronavirus): 39; „Exemplar or additional isolate“  – E: 39; A: 0.

S09234_2019-09-09.MSL34-Sep VMR 160919 MSL34.xlsx DDMMYY; späteres Datum (7 Tage) als das Versionsdatum im Dateinamen Für MSL34, 4. Version ("VMR 160919 MSL34.xlsx"): „Coronaviridae“: 39 Zeilen; „Betacoronavirus“: 12 Zeilen.

Statistik für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 12; „Exemplar or additional isolate“: 12; „E“: 12; „A“: 0.

S08287_2019-06-01.MSL34-Jun VMR 190601 MSL34.xlsx YYMMDD; einzige Version mit eindeutiger Datumsangabe in genau diesem Format Für MSL34, 3. Version ("VMR 190601 MSL34.xlsx"): „Coronaviridae“: 39 Zeilen; „Betacoronavirus“: 12 Zeilen.

Statistik für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 12; „Exemplar or additional isolate“: 12; „E“: 12; „A“: 0.

S08284_2019-05-19.MSL34-May VMR 190519 MSL34.xlsx DDMMYY oder YYMMDD; das Format lässt sich nicht genau ableiten, da "19" auf das Jahr und den Tag zutrifft Für MSL34, 2. Version ("VMR 190519 MSL34.xlsx"): „Coronaviridae“: 39 Zeilen; „Betacoronavirus“: 12 Zeilen.

Statistik für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 12; „Exemplar or additional isolate“: 12 – „E“: 12; „A“: 0.

S08277_2019-03-22.MSL34-Mar VMR 220319 MSL34.xlsx DDMMYY Für MSL34, 1. Version ("VMR 220319 MSL34.xlsx"): „Coronaviridae“: 39 Zeilen; „Betacoronavirus“: 12 Zeilen.

Statistik für die Betacoronavirus-Zeilen: „Subgenus“: 5; „Species“: 12; „Exemplar or additional isolate“: 12 – „E“: 12; „A“: 0.

Statistik für die Coronaviridae-Zeilen: „Family“: 1; „Subfamily“: 2; „Genus“: 5; „Subgenus“: 24; „Species“: 39; „Exemplar or additional isolate“ – E: 39; A: 0.

S08011_2018-12-20.MSL33-Dec VMR 201218 MSL33.xlsx DDMMYY Änderung von Anzahlen: Coronaviridae-Zeilen: 39; Betacoronavirus-Zeilen: 12. Für Betacoronavirus werden 12 "species" angegeben, die Rubrik "Type species" wird nicht aufgeführt. Die Rubrik "Exemplar (E) or additional isolate (A)" enthält für die Coronaviridae-Zeilen ausschließlich "E".
S07466_2018-07-20.MSL32-Jul VMR 200718 MSL32.xlsx DDMMYY Neue Rubriken; der Fehler wurde korrigiert (Zeilen für Coronavirinae-Einträge in "subfamiliy"). Coronaviridae-Zeilen: 39; Betacoronavirus-Zeilen: 9. Für Betacoronavirus werden 9 "species" angegeben, die Rubrik "Type species" wird nicht mehr aufgeführt. Die alte Rubrik "Exemplar" wurde erweitert: "Exemplar or Additional"; die 39 Coronaviridae-Zeilen enthalten nur "E", kein "A".
S07235_2018-05-11.MSL32-May VMR 110518.MSL32.xlsx DDMMYY Kein offensichtlicher Unterschied zur Vorgänger-Version. Gleicher Fehler (Zeilen für Coronavirinae-Einträge in "subfamiliy").
S07187_2018-03-21.MSL32-Mar VMR-210318.MSL32.xlsx DDMMYY Dem Wesen nach kein offensichtlicher Unterschied zur Vorgänger-Version. Allerdings wurde ein Fehler gefunden: In der Spalte "subfamiliy" sind die Coronavirinae-Einträge um eine Zeile verrutscht.
S07096_2018-01-29.noMSL-Jan VMR 290118.xlsx DDMMYY Kein offensichtlicher Unterschied zur Vorgänger-Version.
S07087_2018-01-03.noMSL-Jan VMR 030118.xlsx DDMMYY Kein offensichtlicher Unterschied zur Vorgänger-Version.
S07019_2017-11-08.noMSL-Nov VMR 081117.xlsx DDMMYY Kein offensichtlicher Unterschied zur Vorgänger-Version.
S07012_2017-08-01.noMSL-Aug VMR.v010817.xlsx DDMMYY Coronaviridae-Zeilen: 39; Betacoronavirus-Zeilen: 9. Für Betacoronavirus werden 9 "species" angegeben, die "Type species" soll "Murine coronavirus" sein. Die Rubrik "Exemplar", "E" gibt es bereits. "A", wie "additional isolate, wurde noch nicht angewendet.
Anmerkung über geänderte Zitierweise
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《    Anmerkung: Übrigens hat sich die empfohlenen Zitierweise (laut: https://www.nature.com/articles/s41564-020-0695-z#citeas) etwas geändert.

  • Am 21. April 2021 hatte ich dortselbst eine zusätzliche Angabe zu den Autoren vorgefunden, ungefähr so:
  • Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses., Gorbalenya, A.E., Baker, S.C. et al. The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nat Microbiol 5, 536–544 (2020). https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z
  • und später, am 16. Sep. 2021, wurde nur die Arbeitsgruppe selbst als Autor angezeigt, ungefähr so:
  • Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses. The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nat Microbiol 5, 536–544 (2020). https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z    》
Newsletter zu MSL #36
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... bspw. einem „Newsletter“ entnehmen (heruntergeladene Datei: „ICTV Newsletter-17 12-2020.pdf“, unmittelbarer Download durch: https://talk.ictvonline.org/information/newsletters/m/newsletters/10978).

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ICTV-Newsletter #17 (2020)

Dieser Newsletter soll alle Interessierten des International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) über aktuelle Entwicklungen auf dem Laufenden halten.

Es ist öffentlich auf der ICTV-Website verfügbar und wird allen zugesandt, die sich der ICTV-Diskussionsseite angeschlossen haben.

Um sich auf dieser Seite zu registrieren, navigieren Sie zu https://ictv.global/ und klicken Sie auf die Registerkarte „Login/Join“.

Melden Sie sich nach der Registrierung mit dem von Ihnen angegebenen Namen und Passwort an.

Wenn Sie bereits registriert sind, stellen Sie bitte sicher, dass Ihre Kontaktdaten aktuell sind.

Dies können Sie tun, indem Sie über das Login-Symbol oben rechts auf „Profil“ klicken.

Kommentare und Anregungen zum Newsletter sind willkommen.

Diese Ausgabe, die den Zeitraum ab September 2019 abdeckt, und frühere Ausgaben sind hier verfügbar.

Aktivitäten des Exekutivausschusses (EK)

EC52

Das 52. jährliche EC-Meeting (EC52) fand vom 5.-7. Oktober 2020 virtuell auf Zoom statt und wurde von Präsident Andrew Davison und Business Secretary Arcady Mushegian ausgerichtet.

Dies war die dritte reguläre Sitzung des EC, welches auf der ICTV-Plenarsitzung im Juli 2017 in Singapur gewählt wurde.

Das dreitägige Treffen umfasste sechs 21/2-stündige Sitzungen und wurde von allen 19 EC-Mitgliedern sowie von Donald Smith, Managing Editor des ICTV Report, und Richard Orton, Technical Editor des ICTV Report, besucht werden beide durch ein Wellcome Trust-Bioressourcen-Stipendium unterstützt.

Der Präsident begrüßte insbesondere Dr. Evelien Adriaenssens zu ihrem ersten Treffen als Interim Sub-Committee (SC) Chair for Bacterial and Archaeal Viruses.

Den Dreijahresbericht des ICTV an seine Elternorganisation, die International Union of Microbiological Societies (IUMS), finden Sie hier.

Neben der Durchsicht und Genehmigung des Protokolls des EC51-Treffens in Berlin (2019) und der Prüfung einer beträchtlichen Anzahl von standardisierten taxonomischen Vorschlägen standen Berichte zu folgenden ICTV-Ressourcen auf der Tagesordnung:

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Disk-Beitr Virenfunde aus Laos
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  • Close cousins of SARS-CoV-2 found in a cave. (Science) / → HOME - NEWS - SCIENCEINSIDER / Close cousins of SARS-CoV-2 found in a cave in Laos yield new clues about pandemic’s origins → New viruses show for first time that a key feature of the pandemic virus exists in the wild - 29 SEP. 2021 - 5:30 P.M. - BY JON COHEN

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