Die Nihon Joshi Soccer League 2016 ist die siebenundzwanzigste Spielzeit der japanischenFußballliga der Frauen unter diesem Namen. Sie besteht aus insgesamt drei Divisionen, der Nadeshiko League Division 1, der Nadeshiko League Division 2 sowie der in zwei Staffeln ausgetragenen Challenge League. Die reguläre Saison begann im März und endete im Oktober 2016.
Der Vorletzte der Nadeshiko League Division 1 2016 spielte gegen den 2. Platzierten der Nadeshiko League Division 2 2016 um die Relegation. Das Hinspiel fand am 13. und das Rückspiel am 20. November 2016 statt. Der Sieger qualifizierte sich für die Nadeshiko League Division 1 2017.
Der Vorletzte der Nadeshiko League Division 1 2016 spielte gegen den 2. Platzierten der Nadeshiko League Division 2 2016 um die Relegation. Das Hinspiel fand am 13. und das Rückspiel am 20. November 2016 statt. Der Sieger qualifizierte sich für die Nadeshiko League Division 1 2017.
Der Vorletzte der Nadeshiko League Division 2 2016 spielte gegen den 2. Platzierten der Challenge League 2016 um die Relegation. Das Hinspiel fand am 13. und das Rückspiel am 19. Dezember 2016 statt. Der Sieger qualifizierte sich für die Nadeshiko League Division 2 2017.