Der Verein wurde 2012 gegründet und steht unter der Leitung der privaten Universität Pathum Thani. Die erste Saison spielte man 2013 in der damaligen dritten Liga, der Regional League Division 2, in der Central/West-Region. In dieser Region spielte der Verein bis 2015. 2016 wechselte man in die Central-Region. Nach der Ligareform 2017 wurde der Club der vierten Liga, der Thai League 4, zugeteilt, in der man bis 2019 in der Bangkok Metropolitan Region spielte. 2019 belegte der Verein einen dritten Platz, der zur Teilnahme an der Thai League 4 – Champions League berechtigte. Meister der Region wurde die B-Mannschaft von Muangthong United, Vizemeister die B-Mannschaft von Bangkok United. Da die beiden Mannschaften nicht aufsteigen konnten, nahm Pathumthani an den Play-off-Spielen zur Thai League 3 teil. Insgesamt belegte der Club einen vierten Platz in der Thai League 4 und man stieg in die Thai League 3 auf. In der T3 spielt der Club in der Lower-Region.
Der Verein trägt seit 2018 seine Heimspiele im Ratchakram Stadium im Bezirk Bang Sai der Provinz Ayutthaya aus, das sich ca. 21 Kilometer nördlich des Campus der Universität Pathum Thani befindet. Das Stadion hat ein Fassungsvermögen von 2000 Personen.