Benutzer:Roland1952/Formeln/Archiv/2010/September

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Schwefel

Palim-Palim...was es so alles in der WP gibt! Hallo Roland1952, Dein Angebot nehme ich doch gerne an. Ich glaube, ein Phasendiagramm des Schwefels würde sich gut im Artikel machen. Wenn Du also Lust und Zeit hast...:-). Gruss, Linksfuss 18:05, 4. Sep. 2010 (CEST)

You can get it if you really want. Gruß -- Roland1952DiskBew. 19:19, 4. Sep. 2010 (CEST)
Farbe oder keine Farbe, dass ist hier die Frage (frei nach W. S.)? -- Roland1952DiskBew. 21:26, 4. Sep. 2010 (CEST)
Dann in Farben; the harder they come, desto besser...Gruss, Linksfuss 23:41, 4. Sep. 2010 (CEST)
Meintest du das so, oder gibt es noch was zu meckern? Gruß -- Roland1952DiskBew. 01:07, 5. Sep. 2010 (CEST)
Hallo Roland1952, die schwefeligen Farben sind genau richtig! Da gibt es nix zu meckern. Merci. Gruss, Linksfuss 19:47, 5. Sep. 2010 (CEST)
PS: ich hab es erstmal in meinen BNR-Schwefel unter "Physikalische Eingenschaften" eingebaut. Nach Ausbau des Abschnitts werde ich es dann rüberkopieren. Gruss, Linksfuss 19:53, 5. Sep. 2010 (CEST)

Hallo Roland1952, hättest Du vielleicht Zeit für dieses Bild des Frasch-Verfahrens? Ich würde das gerne in den Schwefel-Artikel einbauen. Gruss, Linksfuss 19:09, 25. Sep. 2010 (CEST)

Hallo Linksfuss, meinst dun Abb. 2, den Fußkörper? Grüße -- Roland1952DiskBew. 21:05, 25. Sep. 2010 (CEST)
Ja, genau. Wird durch anklicken größer. Gruss, Linksfuss 22:00, 25. Sep. 2010 (CEST)

Zum Meckern freigegeben. Zuviel Farbe? Gruß -- Roland1952DiskBew. 23:00, 25. Sep. 2010 (CEST)
Nix zu meckern, auf Anhieb perfekt. Danke! Willst Du es einbauen? Gruss, Linksfuss 13:54, 26. Sep. 2010 (CEST)
Danke fürs Lob, habe das Bild beim Schwefel und im Frasch-Verfahren eingebaut. Gruß -- Roland1952DiskBew. 17:08, 26. Sep. 2010 (CEST)
Sieht gut aus. So langsam komme ich bei dem Artikel auch zum Ende. Gruss, Linksfuss 20:45, 26. Sep. 2010 (CEST)
Archivierung dieses Abschnittes wurde gewünscht von: -- Roland1952DiskBew. 22:21, 9. Feb. 2011 (CET)

Calicheamicine

Calicheamicin alpha 2


Calicheamicin alpha 3


Calicheamicin gamma(1)


Calicheamicin gamma(1)I


Calicheamicin theta 1


Calicheamicin epsilon


Calicheamicin T

....alle gezeichnet und zum meckern freigegeben. Grüße -- Roland1952DiskBew. 20:12, 29. Sep. 2010 (CEST)

Hallo Roland, erst mal vielen Dank! Damit lässt sich doch schon eine Menge anfangen! Was mich spontan unglücklich macht, ist dass PubChem bei theta1 auf die Stereochemie verzichtet hat. Die ist zwar wahrscheinlich analog zu den anderen, sollte aber abgesichert werden. Hat hier jemand Zugriff auf die Originalliteratur?
Spontan habe ich folgende kleine Fehler entdeckt:
  • Im Cal. T muss an die S-S-S-Gruppe ein CH3 anstelle des H.
  • theta1: Da stimmt was am Endiin nicht - das scheint nicht der gleiche Aufbau wie sonst zu sein.
  • gamma1: Der Keil an der O-CH3-Gruppe ganz links ist falsch
  • Die Doppelbindung, die mitten im Endiin liegt, ist in den Originalen tw. cis, tw. trans konfiguriert. Auch wenns beliebig schwierig ist, muss das irgendwie zeichnerisch korrekt umgesetzt werden. Ich denke, auf das -H an dieser Doppelbindung kann verzichtet werden.
Die große Frage für mich ist, wie diese Riesenstrukturen in einer einzigen Tabelle untergebracht werden können. Ich überlege daher, ob es sinnvoll ist, das bei allen (außer epsilon und theta1) vorhandene Endiin-Strukturelement mit dem ersten daran hängenden Zucker zur "Grundstruktur" zu erklären und dann die variierenden Reste getrennt aufzuführen. Meinungen? -- Mabschaaf 09:49, 30. Sep. 2010 (CEST)
Hallo Mabschaaf, ich weiß nicht, ob auf dieser Seite überhaupt jemand mitliest. Vielleicht solltest du in unserer Redaktion einen Hinweis einstellen. Grüße -- Roland1952DiskBew. 14:02, 30. Sep. 2010 (CEST)
Hallo Roland, der Link findet sich schon in der QS. -- Mabschaaf 14:11, 30. Sep. 2010 (CEST)
So weit war ich eben in meiner Beobachtungsliste noch nicht zurückgegangen. Gruß -- Roland1952DiskBew. 14:26, 30. Sep. 2010 (CEST)
PS:Bevor ich etwas änder, warte ich noch weitere Meinungen oder und deinen Startschuss zur Änderung ab
Hallo, laut dem hier ist beim Gamma 1 SSSMe per Doppelbindung mit dem Ring verbunden und diese gleich nach aussen gezogen, so dass man die Überschneidung (also die dritte Dimension) sieht. Die Struktur auf Pubchem sieht genau an der Stelle komisch vor, weil das nach einer sechswertigen Verbindung am C des SSSMe aussieht (Dreifachbindung + drei Einzelne). Das ist bei bei uns oben ähnlich verwirrend. An der Doppelbindung des SSSMe entweder bei allen ein H (wie bei den Alphas) oder bei keinem. Die Strukturen sind angeblich in
  • c) M. D. Lee, J. K. Manning, D.R. Williams, N. A. Kuck, R. T. Testa, D. B. Borders, J. Antibiotics 1989, 42, 1070-1086.
aufgelistet. Ist nur die Frage, wie man da ran kommt. Grüße Rjh 08:40, 2. Okt. 2010 (CEST)
Nachtrag ein Beta und Delta gibt es auf Pubchem auch noch. Ist es eigentlich möglich für die Strukturen eine ausgedehnte Resteschreibweise anzugeben. Also zum Beispiel für die ganze Ringstruktur, wo das SSSMe dran hängt (siehe hier (vorletzte Seite) und besonders gefällt mir das hier (S.19 im PDF)) ? Rjh 09:07, 2. Okt. 2010 (CEST)
Könntest Du in o.a. Dokumenten noch die Seitenzahlen benennen, damit klar ist, welche Strukturen Du meinst? Wenn jetzt tatsächlich auch noch ein Beta und Delta dazukommen, dann wird das Layout der Tabelle noch viel schwieriger - ich glaube, Stoffgruppentabellen mit neun Vertretern hatten wir bisher noch nicht. Ich bin da gerade etwas ratlos. Vorschläge dazu? -- Mabschaaf 11:08, 2. Okt. 2010 (CEST)
Doch hatten wir auch schon einige Male. Wir sind dann auf ein senkrechtes Layout umgestiegen, da die Eigenschaften meist ziemlich dürftig waren. Rjh 14:33, 2. Okt. 2010 (CEST)
So, ich hab die Tabelle mal transponiert und noch einige Vertreter dazugefügt. Sieht schon besser aus. Damit könnte man die Tabelle sogar sortierbar machen. Rjh 13:11, 4. Okt. 2010 (CEST)
Noch eine Anmerkung: Ich glaube Calicheamicin x(I) und Calicheamicin x sind gleich, weil das nur die Anwesenheit von Iod darstellt, da es auch noch welche mit Brom gibt. Damit müsste Calicheamicin gamma 1 und gamma 1(I) identisch sein !? Rjh 13:11, 4. Okt. 2010 (CEST)
@Rjh: gamma 1 und gamma 1(I) unterscheiden sich in der stereochemischen Konfiguration des C-Atoms, das den Endiin-Rest mit dem Glycosid-Rest verbindet. Was hältst Du denn davon, die Vertreter in der Tabelle so zu gruppieren, dass Einzelverbindungen mit gleichem Endiin-Teil zusammengefasst werden können und die Strukturformeln letztlich auch zweigeteilt abgebildet werden - also Endiin-Teil als Grundstruktur und Glycodid-Rest davon getrennt?
Gute Idee, dann würden die Unterschiede deutlicher. Rjh 13:56, 8. Okt. 2010 (CEST)
@Roland: dann musst Du wohl die von Rjh ergänzten Vertreter auch noch zeichnen... Aber Du kannst auch gerne noch auf die Antwort von Rjh warten. -- Mabschaaf 13:35, 4. Okt. 2010 (CEST)

Hallo, ich will wohl gerne alle von Euch benötigten Strukturen und Ergänzungen zeichnen, ist kein Problem. Jedoch würde ich euch aus Zeitgründen bitten, mir am besten in Form einer abzuarbeitenden Liste mitzuteilen, welche Strukturen ihr noch braucht und was geändert werden muss. Mir fehlt die Zeit, da noch zu suchen. Wie gesagt, ich helfe gerne, nichts für ungut. Viele Grüße -- Roland1952DiskBew. 15:17, 11. Okt. 2010 (CEST)

Hallo Roland, sehr gerne. Allerdings müssen wir glaube ich in kleinen Schritten voran gehen, sonst verliere auch ich den Überblick. Fangen wir doch mal damit an:
  • Nimm Dir die Struktur von alpha3 und teile sie in zwei Hälften: den Endiin-Teil und den Glycosid-Teil. Anstelle des Brücken-O setzt Du mittels eines Keils nach oben ein "R1" und mittels eines Keils nach unten ein e versucht, deine Beschreibungen umzusetzen. Wie ich bemerkt habe ist evtl. eine CH2-Gruppe (roter Kreis) zuviel von mir zumindest in der alpha3 eingezeichnet. Siehst nochmal über die Strukturen? Gruß -- Roland1952DiskBew. 22:36, 11. Okt. 2010 (CEST)
Hallo Roland, ja, ich fürchte, die CH2-Gruppe im Kreis ist zuviel. Die Lösung mit R1/R2 hatte ich mir genau so vorgestellt. Beim Glycosid-Rest hatte ich folgendes im Sinn (Erläuterung dazu v. links nach rechts)
Der glycosidische 6-Ring bleibt natürlich unverändert
Die Bindung vom 6-Ring zum (ehemaligen) Brücken-O muss wieder ein Keil werden (wie in der ursprünglichen Struktur)
Dann das O, dann hatte ich mir eine Einfachbindung mit halber Länge vorgestellt, die dann abgehackt wird durch eine Schnittlinie (gewellt): also etwa so: Ring--O-| (lässt sich hier mit ASCII nicht besser darstellen).
Was Du noch nicht umgesetzt hast (oder ich vielleicht nicht verständlich ausgedrückt habe) ist die Sache mit der zentralen Doppelbindung (also die, die der S-S-S-Gruppe am nächsten ist): Die ist in den unterschiedlichen Calicheamicinen mal cis- mal trans-konfiguriert. Daher müssen wir einen Weg finden, sie so zu zeichnen, dass cis/trans eindeutig erkennbar ist. Kannst Du die irgendwie so in den Endiin-Makrozyklus legen, dass sie "normale" Bindungswinkel, also >C=C< hat?
Soweit für heute und vielen Dank für Deine Geduld mit mir... -- Mabschaaf 23:13, 11. Okt. 2010 (CEST)
Ich habe das mit dem TRANS versucht. Hat schon was an sich der Schwierigkeitsgrad, das zu zeichnen. Sieh´s dir einfach mal vorbehaltslos an (und auch den Glykosidrest) und kommentiere zwanglos ;-)). Gruß -- Roland1952DiskBew. 18:03, 12. Okt. 2010 (CEST)
Fangen wir doch mal mit den guten Nachrichten an: Der Gylcosidrest ist jetzt perfekt!
...und am anderen arbeiten wir noch: Du hast leider bei der falschen Doppelbindung versucht, sie in trans-Stellung zu bringen. Es geht um folgende Doppelbindung: CH3-S-S-S-CH2-CH=C<
Die ist bei alpha2 & alpha3 cis-konfiguriert, bei gamma1, gamma1I, theta1 & T ist sie trans (siehe PubChem-Bildchen). -- Mabschaaf 18:33, 12. Okt. 2010 (CEST)

..das kommt davon, wenn man sich mit einem laienhaften Stümper wie mir einläßt, der nichts kapiert. Oder etwa doch? Am Layout muss vielleicht noch gearbeitet werden. Gruß -- Roland1952DiskBew. 19:59, 12. Okt. 2010 (CEST)

Die passen jetzt alle! Das war sozusagen der erste Schritt zum Calicheamycin-Baukasten... Kannst Du die drei Strukturen schon mal als getrennte Dateien zur Verfügung stellen (aber die cis/trans-Beschriftung weglassen)? Ich werde dann so nach und nach mit Deiner Hilfe diese Tabelle füllen.
Falls Dir gerade ganz langweilig ist, kannst Du auch von den anderen Vertretern schon mal die Glycosidreste als abgetrennte Strukturen (bis jeweils zur Schnitt-/Schlangenlinie) einstellen. Vielen Dank bis hier, ich glaube, ab jetzt wird es einfacher zu verstehen, wo ich hin will. -- Mabschaaf 23:15, 12. Okt. 2010 (CEST)
Mir ist den ganzen Tag über langweilig, deswegen bin ich euch ja auch für die Arbeit dankbar.
Bevor ich mit dem Ändern und Speichern anfange, wie sollen wir die Dateien benennen? (nicht signierter Beitrag von Roland1952 (Diskussion | Beiträge) 10:32, 13. Okt. 2010 (CEST))
Leicht korrigierter Vorschlag:
Datei:Calicheamicin_Glycosidteil_T.svg
Datei:Calicheamicin_Glycosidteil_theta 1.svg
Datei:Calicheamicin_Glycosidteil_gamma(1)I.svg
Datei:Calicheamicin Glycosidteil gamma(1).svg
Datei:Calicheamicin Glycosidteil alpha2.svg
Datei:Calicheamicin Glycosidteil alpha3.svg
Datei:Calicheamicin Endiinteil cis.svg
Datei:Calicheamicin Endiinteil trans.svg
Danke -- Mabschaaf 10:39, 13. Okt. 2010 (CEST)
Whatever you want. Ich bin nur der Diener. Grüße -- Roland1952DiskBew. 15:35, 13. Okt. 2010 (CEST)
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