Mit seiner Gründung im Jahr 1999 spielt der Verein in der Thailand Provincial League. Bis 2004 beendete der Klub die Saison auf einem Mittelfeldplatz der Tabelle. 2005 konnte erstmals ein Platz unter den ersten Drei erzielt werden, der Aufstieg in die Thai Premier League wurde jedoch knapp verpasst. Ein Jahr später konnte das Ergebnis wiederholt werden. Doch durfte der Verein in die höchste Liga Thailands aufsteigen, da der Zweitplatzierte, die Reservemannschaft des FC Port Authority of Thailand, nicht aufstiegsberechtigt war. Nicht nur der Verein brachte als „Provinzmannschaft“ neuen Schwung in die Liga, sondern auch die Fans, die die Heimspiele besuchen und ebenso zahlreich zu den Auswärtsspielen reisen. Nakhon Pathom war neben dem FC Chonburi und dem FC Suphanburi der einzige Verein der Premier League, welcher nicht aus der Hauptstadt Bangkok stammte. Die erste Saison in der ersten Liga konnte der Klub auf Platz 11 beenden. Er verbesserte seine Endplatzierung ein Jahr später auf Rang 9. Zur Saison 2009 konnten mit Michael Aspin und Michael Thomas Byrne erstmals zwei Spieler aus Großbritannien verpflichtet werden. Beide spielten schon in England zusammen bei Northwich Victoria. Die Saison beendete der Verein jedoch auf dem 16. und letzten Tabellenplatz, was den Abstieg in die Division 1 League zur Folge hatte. Die Saison 2010 schloss man mit einem fünften Platz ab. Nachdem man Spielabsprachen mit Sisaket getroffen hatte, wurde der Verein für zwei Jahre vom Spielbetrieb ausgeschlossen. Zur Saison 2013 kehrte man in die Division 1 zurück. Bis zur Saison 2017 spielte man zweitklassig. Bis 2016 in der Division 1 League, die Saison 2017 spielte man in der Thai League 2. Nachdem der Verein keine vollständigen Lizenzierungsunterlagen für die Saison 2018 vorgelegt hatte, musste der Verein in die vierte Liga, der Thai League 4, zwangsabsteigen. Hier spielte der Verein 2018 in der Region West.
Der Verein trägt seine Heimspiele im Nakhon Pathom Municipality Sport School Stadium (thailändischสนามกีฬา โรงเรียนกีฬาเทศบาลนครนครปฐม) aus. Bei dem Stadion handelt es sich um ein Mehrzweckstadion mit einem Fassungsvermögen von 6000 Zuschauern. Eigentümer ist die Nakhon Pathom Municipality Sport School.
Chiya Sasomsap
Akbar Nawas
Jason Withe
Cho Kwang-hoon
Yūsei Ogasawara
Berlin Ndebe-Nlome
Diego
Peter Nergaard