Thermodesulfobacteriota

Thermodesulfobacteriota
Thermodesulfobacterium hydrogeniphilum
Systematik
Klassifikation: Lebewesen Domäne: Bakterien (Bacteria) Stamm: Thermodesulfobacteriota
Wissenschaftlicher Name
Thermodesulfobacteriota
Garrity & Holt 2021

Die Thermodesulfobacteriota sind in der herkömmlichen Taxonomoie ein Phylum (Stamm, Abteilung, englisch division) thermophiler Sulfat-reduzierender (desulfurizierender) Bakterien.

Er ist eine der ältesten Phyla des Bereichs Bakterien, wobei die neue Bezeichnung Thermodesulfobacteriota den alten Namen Thermodesulfobacteria (der auch die Klasse bezeichnet) ersetzt. Das Phylum beinhaltet anaerobe thermophile Bakterien, die sowohl aus heißen Quellen auf der Erde als auch aus hydrothermalen Schloten im Meer isoliert wurden. Sie sind in der Regel bazillusförmig (d. h. kleine Stäbchen) und wachsen einzeln, paarweise oder in kurzen Ketten. Es gibt sowohl bewegliche als auch unbewegliche Arten.

Im Jahr 2008 wurde ein pathogener intrazellulärer Vertreter (Lawsonia intracellularis, Ordnung Desulfo­vibrio­nales) der Thermodesulfobakteriota identifiziert.

In neueren Taxonomien wurde vorgeschlagen, das Phylum um bislang der Klasse Deltaproteobacteria zugeordnete Desulfurizierer zu erweitern. Das daraus entstandene umfangreichere Phylum wird gelegentlich dann auch als Desulfobacterota bezeichnet (da dann auch nicht-thermophile Vertreter eingeschlossen sind).

Systematik

Derzeit (Stand 12. Januar 2024) besteht noch kein Konsensus über den Umfang des Phylums und die Stellung zu den Deltaproteobacteria (inklusive Candidatus Lambdaproteobacteria).

Zum Phylum Thermodesulfobacteriota gehört von Haus aus die Klasse Thermodesulfobacteria (mit Schreibvariante Thermodesulfobacteriia).

Für die folgende Systematik wurden als Quellen benutzt:

• L – LPSN

In der herkömmlichen Taxonomie – wie in der List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) sind diese thermophilen Desulfurizierer die einzigen Vertreter des Phylums.

• N – NCBI-Taxonomie

In der Taxonomie National Center for Biotechnology Information (NCBI) treten die herkömmlich der Klasse Deltaproteobacteria zugeordneten Desulfurizierer-Ordnungen ebenfalls zu diesem Phylum hinzu. Das so erweiterte Phylum Thermodesulfobacteria wird dann gelegentlich als Desulfobacterota bezeichnet, da es dann nur Desulfurizierer, aber nicht nur thermophile Desulfurizierer enthält.

• G – GTDB

In der Genome Taxonomy Database (GTDB) gibt es dann von diesen Desulfobacterota wieder einige kleinere Abspaltungen, die dort provisorisch als Desulfobacterota_B bis Desulfobacterota_G bezeichnet werden, für die aber bereits wieder eigene Bezeichnungen vorgeschlagen wurden (s. u.).

Synonyme

• Thermodesulfobacteriota corrig. Garrity & Holt 2021^(N) bzw. Garrity & Holt 2021^(L)
• „Thermodesulfobacteriota“ Whitman et al. 2018
• „Thermodesulfobacteraeota“ Oren et al. 2015
• Desulfobacterota Waite et al. 2023
• "„Desulfobacterota“" Waite et al. 2020

Liste

Die folgende Liste umfasst mit Stand 17. Januar 2024 die nach der Taxonomie des NCBI unter den Thermodesulfobacteriota (synonym Desulfobacterota) zusammengefassten Mitglieder (Klassen), zeigt aber transparent die Abspaltungen Desulfobacterota_B bis Desulfobacterota_G gemäß GTDB; in der NCBI-Taxonomie gehören diese alle zu den Desulfobacterota alias Thermodesulfobacteriota. In der LPSN bestehen dagegen die Thermodesulfobacteriota nur aus ihrer ursprünglichen Klasse Thermodesulfobacteria; die anderen in der NCBI-Taxonomie gelisteten Ordnungen gehören dort zur Klasse Deltaproteobacteria (die Klassen sind daher Synonyme der Deltaproteobacteria). Synonyme sind in eckigen Klammern angegeben.

• Phylum Thermodesulfobacteriota Garrity & Holt 2021^(N) [„Thermodesulfobacteraeota“ Oren et al. 2015,^(N) Desulfobacterota Waite et al. 2023^(N)]
  • Klasse Thermodesulfobacteria Hatchikian et al. 2002^(N,L,G) [„Thermodesulfobacteriia“ Cavalier-Smith 2020^(L)]
    • Ordnung Thermodesulfobacteriales Hatchikian et al. 2002^(N,L,G) (inkl. Gattung Thermosulfuriphilus^(N,G))
  • Klasse Desulfarculia Waite et al. 2020^(N,G)
    • Ordnung „Ca. Adiutricales“ Waite et al. 2020^(N,L,G)
    • Ordnung Desulfarculales corrig. Kuever et al. 2006^(N,G) [Desulfarcales Kuever et al. 2006^(L)]
  • Klasse Desulfobaccia Waite et al. 2020^(N,G)
    • Ordnung Desulfobaccales Waite et al. 2020^(N,L,G)

  • 

    Nitratidesulfovibrio vulgaris, Desulfobacterales

    Klasse Desulfobacteria Waite et al. 2020^(N,G)
    • Ordnung Desulfobacterales Kuever et al. 2006^(N,L,G)
  • Klasse c__DSM-4660^(G)
    • Ordnung Desulfatiglandales Waite et al. 2020^(N,G)
  • Klasse Desulfobulbia Waite et al. 2020^(N,G)
    • Ordnung Desulfobulbales Waite et al. 2020^(N,G)
  • Klasse „Candidatus Desulfofervidia“ Waite et al. 2020^(N,G)
    • Ordnung „Candidatus Desulfofervidales“ Waite et al. 2020^(N,L,G)
  • Klasse Desulfomonilia Waite et al. 2020^(N,G)
    • Ordnung Desulfomonilales Waite et al. 2020^(N,L,G)
  • Klasse Desulfovibrionia Waite et al. 2020^(N,G)
    • Ordnung Desulfovibrionales Kuever et al. 2006^(N,L,G)
  • Klasse Dissulfuribacteria Waite et al. 2020^(N,G)
    • Ordnung Dissulfuribacterales Waite et al. 2020^(N,L,G)
  • Klasse Syntrophia Waite et al. 2020^(N,G)
    • Ordnung Syntrophales Waite et al. 2020^(N,L,G)
  • Klasse Syntrophobacteria Waite et al. 2020^(N,G)
    • Ordnung Syntrophobacterales Kuever et al. 2006^(N,L,G)
  • Klasse „Ca. Zymogenia“ Murphy et al. 2021^(G)
    • Ordnung „Ca. Zymogeniales“ Murphy et al. 2021^(N,L,G)
      (in der NCBI-Taxonomie zur Klasse Deltaproteobacteria)

Abspaltungen gemäß GTDB:

• Phylum Desulfobacterota_B^(G) [„Ca. Binatota“ Chuvochina et al. 2019,^(N,L) Candidate division UBP10]
  • Klasse „Ca. Binatia“ Chuvochina et al. 2019^(N,L,G)
    • Ordnung „Ca. Binatales“ Chuvochina et al. 2019^(N,L,G)

• Phylum Desulfobacterota_C^(G) [„Deferrisomatota“ ]
  • Klasse Deferrisomatia Waite et al. 2020^(N,L)
    • Ordnung Deferrisomatales Waite et al. 2020^(N,L)

• Phylum Desulfobacterota_D^(G) [„Dadabacteriota“]
  • Klasse „Candidatus Dadabacteria“ Hug et al. 2016^(N,L) [UBA1144 [cls.]^(G)]
    • Ordnung „Candidatus Nemesobacterales“ Gavriilidou et al. 2023^(N)
    • Ordnung UBA1144 [ord.]^(G) mit Ca. Dadabacteria bacterium UBA1144^(N) [UBA1144 sp002311855^(G)]

• Phylum Desulfobacterota_E^(G) [„Ca. Deferrimicrobiota“ Begmatov et al. 2022 ]
  • Klasse „Ca. Anaeroferrophillalia“ Murphy et al. 2021^(N,G) [„Ca. Anaeroferrophilia“ corrig. Murphy et al. 2021,^(L) „Ca. Anaeroferrophillalia“ Murphy et al. 2021^(L)]
    • Ordnung „Ca. Anaeroferrophillales“ Murphy et al. 2021^(N,G) [„Ca. Anaeroferrophilales“ corrig. Murphy et al. 2021,^(L) Ca. Anaeroferrophiliales^(L)]
      (in der NCBI-Taxonomie zur Klasse Deltaproteobacteria)
  • Klasse „Ca. Deferrimicrobiia“ corrig. Begmatov et al. 2022^(L) [„Ca. Deferrimicrobia“ Begmatov et al. 2022^(N,L,G)]
    (in der NCBI-Taxonomie Bacteria incertae sedis)
    • Ordnung „Ca. Deferrimicrobiales“ Begmatov et al. 2022^(N,G)

• Phylum Desulfobacterota_F^(G) [„Ca. Desulfuromonadota“ Barak et al. 2023, A010-Gruppe]
  • Klasse Desulfuromonadia Waite et al. 2020^(N,L,G)
    • Ordnung Desulfuromonadales corrig. Kuever et al. 2006^(N,L,G) [„Desulfuromonales“ Kuever et al. 2005^(N,L), Kuever et al. 2006^(L)
      (in der LPSN mit weiterem Synonym Geobacterales)
    • Ordnung Geobacterales Waite et al. 2020^(N,L,G)
      (in der LPSN ein Snonym für Desulfuromonadales)

• Phylum Desulfobacterota_G^(G)
  • Klasse Syntrophorhabdia Waite et al. 2020^(N,L,G)
    • Ordnung Syntrophorhabdales Waite et al. 2020^(N,L,G)

Phylogenie

Aufgrund phylogenomischer Analysen wurden u. a. folgende Phylogenien der Thermodesulfobacteriota vorgeschlagen:

• Waite et al. 2020 (weitgehend der obigen Systematik entsprechend):

Thermodesulfobacteriota

Deferrisomatia  Deferrisomatales     „Ca. Dadabacteria“  „Ca. Nemesobacterales“     Desulfuromonadia  Geobacterales     Desulfuromonadales        Desulfomonilia  Desulfomonilales     Syntrophia  Syntrophales  Syntrophorhabdia  Syntrophorhabdales              Dissulfuribacteria  Dissulfuribacterales  Thermodesulfobacteria  Thermodesulfobacteriales      Desulfobulbia  Desulfobulbales     „Desulfofervidia“  „Desulfofervidales“  Desulfovibrionia  Desulfovibrionales        Syntrophobacteria  Syntrophobacterales     Desulfobaccia  Desulfobaccales  Desulfarculia  „Adiutricales“     Desulfarculales     Desulfobacteria  Desulfatiglandales     Desulfobacterales

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• Die auf 120 Einzelkopie-Markerproteinen basierende Phylogenie der GTDB, Stand 08-RS214, stellt diese Gruppen in einen größeren Zusammenhang und ordnet sie sehr weit verstandenen Deltaproteobacteria (δ-Proteobacteria s.  .) zu, die auch alle herkömmlichen Deltaproteobacteria und Ca. Lambdaproteobacteria umfassen. Zu diesen gehören danach auch die GTDB-Abspaltungen Desulfobacterota Desulfobacterota_B, Desulfobacterota_C, Desulfobacterota_E und Desulfobacterota_F.

Dieser phylogenetisch Baum hat neben den „δ-Proteobacteria s. l.“ einen zweiten großen Ast. Dieser enthält mit dem vorgeschlagenen Reich (Superphylum) „Aquificida“, die Linien Desulfobacterota_D, Desulfobacterota_G und die ε-Proteobacteria. Dazu kommen die Nitrospirota und die restlichen Pseudomonadota (ohne δ-, ε- und λ-Proteobacteria).

„δ-Proteobacteria s. l.“      „λ-Proteobacteria“  SAR324-Cluster     Bdellovibrionota  Oligoflexia    Bacteriovoracia     Bdellovibrionia       „Lernaellota“ [FEN-1099-Gruppe]     „Binatota“ [Desulfobacterota_B]  „Binatia“  Myxococcota  Myxococcia    „Bradymonadia“     Polyangiia        „Deferrisomatota“ [Desulfobacterota_C]  Deferrisomatia  „Deferrimicrobiota“ [Desulfobacterota_E]  „Deferrimicrobiia“     „Anaeroferrophilia“                 „Moduliflexota“ [„Modulibacteria“]  „Moduliflexia“     „Vecturitrichia“  „Methylomirabilota“  „Methylomirabilia“     „Schekmaniibacteriota“  „Schekmanbacteria“    „Tectimicrobiota“ („Tectomicrobia“)     Nitrospinota     Nitrospirota      Desulfobacterota_F [„Desulfuromonadota“]  Desulfuromonadia     „Desulfobacterota“  „Zymogenia“       Desulfomonilia     Syntrophia             Dissulfuribacteria     „Thermodesulfobacteriia“     Desulfobulbia    „Desulfofervidia“     Desulfovibrionia       Desulfobaccia     Desulfarculia    Syntrophobacteria    „Desulfatiglandia“     Desulfobacteria        „Aquificida“         Desulfobacterota_G   Syntrophorhabdia  Syntrophorhabdales  „Acidulodesulfobacteriota“   „Acidulodesulfobacteriia“  „Acidulidesulfobacterales“ [SZUA-79-Gruppe]     „Dadaibacteriota“ [Desulfobacterota_D]   „Dadabacteria“  „Nemesobacterales“  Calescibacteriota  „Calescamantes“       „Thermosulfidibacterota“    Chrysiogenota     Deferribacterota    Aquificota     Campylobacterota (ε-Proteobacteria)    „Leptospirillaeota“ [Nitrospirota]     Pseudomonadota  s. s.

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Siehe auch

Commons: Thermodesulfobacteriota – Sammlung von Bildern, Videos und Audiodateien

• Systematik der Bakterien