Diskussion:Escherichia coli

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ab 2004

Wie wird ein Archiv angelegt?

E. coli mit modifiziertem Genetischen Code - phagenresistent

Siehe

• https://scitechdaily.com/revolutionizing-biotechnology-scientists-create-supercharged-bacteria-with-immunity-to-viral-infections/
• doi:10.1038/s41586-023-05824-z

Könnte das hier erwähnt werden? Viele Grüße! --Ernsts (Diskussion) 18:20, 20. Mär. 2023 (CET)

WP:KALP-Diskussion vom 23. April bis 15. Mai 2023

Escherichia coli (abgekürzt E. coli) – auch Kolibakterium (lateinisch Bacterium coli) genannt – ist ein gramnegatives, säurebildendes und peritrich begeißeltes Bakterium, das normalerweise im menschlichen und tierischen Darm vorkommt. Unter anderem auf Grund dessen gilt dieses Bakterium auch als Fäkalindikator. Innerhalb der Familie der Enterobakterien (altgriechisch ἕντερον, lateinisch enteron „Darm“) gehört E. coli zur bedeutenden Gattung Escherichia und ist deren Typspezies. Benannt wurde es nach dem deutschen Kinderarzt Theodor Escherich, der es isolierte und 1886 erstmals beschrieb. Coli ist der lateinische Genitiv von colon (zu dt. Kolon), einem Teil des Dickdarms. Die meisten Angehörigen dieser Spezies sind nicht krankheitsauslösend, jedoch gibt es auch zahlreiche verschiedene pathogene Stämme. Es zählt zu den häufigsten Verursachern von menschlichen Infektionskrankheiten. Die Basensequenz des Genoms einiger Stämme ist vollständig aufgeklärt. Als Modellorganismus zählt es zu den am besten untersuchten Prokaryoten und nimmt in der Molekularbiologie eine wichtige Rolle als Wirtsorganismus ein. Der Nobelpreis für Physiologie oder Medizin wurde an zahlreiche Forscher, die sich mit der Biologie von E. coli beschäftigt haben, vergeben.

Ein Artikel über _das_ Bakterium. Er wurde bislang nur als sehr langer Artikel innerhalb der Redaktion Biologie klassifiziert. Da ich auf meiner Diskussionsseite hierher verwiesen wurde, stelle ich den Artikel wie gewünscht zur Kandidatur. Gruß Matthias 13:53, 23. Apr. 2023 (CEST)

 Exzellent Der Autor hat aus der kilometerlangen Literatur über E.coli gut ausgewählt, die Gliederung ist gut und deckt eigentlich alles ab. Wünschen würde ich mir noch etwas zir äußeren Systematik. Aber das kann ja noch kommen. Grüße --Josef Papi (Diskussion) 14:30, 23. Apr. 2023 (CEST)

Ein echter "Brocken", der hier kandidiert. Ich halte ihn - als Laie, aber dennoch gelegentlich hier bei KALP involviert - als auszeichnungswürdig: Eine derartige Informationsdichte, aber dennoch "OMA-verständlich" ist hier sehr selten. Ist das zuständige Portal mal involviert gewesen? Fachlich erscheint mir ja alles gut belegt, aber nachschlagen kann ich es - naturgemäß - nicht. Ich setze jetzt mal  Lesenswert mit Tendenz nach oben. Scheitern sollte diese Kandidatur (es sei denn, es fänden sich fachliche Mängel) jedenfalls nicht mangels Beteiligung. Imho. Viele Grüße,--Rote4132 (Diskussion) (ohne (gültigen) Zeitstempel signierter Beitrag von Rote4132 (Diskussion | Beiträge) 01:45, 29. Apr. 2023 (CEST))

 keine Auszeichnung Erstens ist es nicht ersichtlich, welche übergeordnete Sekundärliteratur als Grundlage für den Artikel verwendet wurde. Sowas geht überhaupt nicht, exzellente Artikel zu biomedizinischen Themen müssen durchgängig aus Lehrbüchern erarbeitet werden. Zweitens ist die verwendet Literatur überwiegend (veraltete) Primärliteratur und die gelegentlich benutze Sekundärliteratur ist durchgehend veraltet. Die Lehrbücher sind von 2007/08 und die verwendete Primärliteratur ist überwiegend von vor 2010. Es ist schon ein Problem, dass wir hier uralte gebapperlte Artikel haben, die nie aktualisiert wurden. Da ist es für mich nicht akzeptabel, dass wir jetzt Artikel auszeichnen, die schon während der Kandidatur veraltet sind. Das geht so nicht, vor allem nicht in einem Bereich, wo neue Erkenntnisse viel schneller gewonnen werden, als etwa in den Geisteswissenschaften. LG --Andreas Werle (Diskussion) 19:31, 4. Mai 2023 (CEST)

Auch ich kann  keine Auszeichnung vergeben, und zwar aus einem ähnlichen Grund wie Benutzer:Andreas Werle. Ich kann mir nicht vorstellen, dass es keine neuere Literatur zum Thema gibt – immerhin ist das wohl das bekannteste Bakterium überhaupt. Und veraltete Literatur ist ein „gravierender Mangel“ im Sinne der Kriterien. Dass ein biomedizinischer Artikel auf Lehrbüchern aufbauen muss, ist m. E. gar nicht zu bewerkstelligen. Da die Naturwissenschaften so rasante Fortschritte machen, kommen die Lehrbücher gar nicht mit. Ein Beispiel: Wollte ich den Artikel zu microRNAs überarbeiten, so hätte ich keine andere Wahl, als auf wissenschaftliche Publikationen zurückzugreifen, und zwar fast ausschliesslich – dagegen ist auch nichts einzuwänden. Was gibt es Besseres als einen aktuellen Review-Artikel, der im Journal Nature oder Cell publiziert wurde? Wohingegen „die Bibel“ der Zellbiologie, der grosse Alberts, kaum eine Seite zum Thema verliert. --FWS AM (Diskussion) 20:51, 4. Mai 2023 (CEST)

Bravo, gut gekontert! :-) microRNA ist tatsächlich ein Beispiel, wo eine Molekülklasse in ganz verschiedenen Bereichen der Genregulation eine Rolle spielt und was Alberts nur knapp abhandelt. Und natürlich gibt es auch Krankheiten - wie "mein" Gallengangskarzinom - wo man im Harrison zu wenig für einen Artikel findet. Da muss man dann ein anderes Lehrbuch verwenden:

• Yasuni Nakamuna Pathology of the Bile Duct Springer 2017
• Junjie Xiao: MicroRNA: From Bench to Bedside AP 2022

Geht also schon. Davon abgesehen, ist E. coli kein exotisches Thema. Da findet man in Standardlehrbüchern jede Menge Informationen. Zu unsrem Thema ein Beispiel hier:

• Sebastian Suerbaum: Medizinische Mikrobiologie und Infektiologie Springer 2020.

Dort findet man im Kapitel 29 "Enterobakterien", ca. 15 Seiten über E coli. LG --Andreas Werle (Diskussion) 06:50, 5. Mai 2023 (CEST)

Danke, dieses Werk zu microRNAs kannte ich noch gar nicht. Was E.Coli

angeht, so hast du natürlich Recht; da gibt es Sekundärliteratur zu Hauf. --FWS AM (Diskussion) 06:44, 6. Mai 2023 (CEST)

Ich zitiere in dem Artikel auch zahlreiche Lehrbücher und Reviews. Wie sonst konnte, mir die Auswahl an Themen gelingen, für die ich weiter oben gelobt wurde. Gruß Matthias 17:18, 6. Mai 2023 (CEST)

Versteh mich nicht falsch: Ich finde den Artikel ziemlich gut. Nur ist leider die Literatur, die du verwendest, überwiegend aus den Jahren 2005–2010. Das ist jetzt schon ziemlich alt, in fünf Jahren zweifellos veraltet, meine ich. Das reicht nicht für eine Auszeichnung. Gruß, --FWS AM (Diskussion) 19:19, 6. Mai 2023 (CEST)

Wieso nicht? Was "ziemlich alt" und "in fünf Jahren zweifellos veraltet" ist, ist reine Spekulation. Recte: WP:TF. Ist es denn falsch? Sind es fachliche Mängel?
Konstruktive Kritik sieht anders aus und liest sich anders, imho und mit vielen Grüßen,--Rote4132 (Diskussion) 23:17, 6. Mai 2023 (CEST)

Ob das, was steht, inhaltlich korrekt ist, vermag ich nicht abschließend zu beurteilen. Ich sehe jedoch einen Biologie-Artikel, der auf alter Literatur basiert. Wenn der Artikel nicht instand gehalten wird, wird die Literatur veraltet sein, und zwar bald. Es fällt mir schwer zu glauben, dass in der Forschung um E. Coli in den letzten 15 Jahren nichts passiert ist. Pubmed zeigt allein für den Zeitraum 6‘079 Ergebnisse für Reviews über E. Coli. --FWS AM (Diskussion) 06:42, 7. Mai 2023 (CEST)

Ich habe mal als Nicht-Mikrobiologie mal angefangen ein wenig mit aktueller Lit. (Suerbaum, 9. Auflage, München, 2020 zu vergleichen. Folgende Dinge sind mir dabei aufgefallen:

• Intimin als Adhärenzfaktor pathogener Stämme zum Darmepithel kommt im ganzen Artikel nicht vor.

• Kayser, 2005 schreibt von EAF zur Adhäsion des EPEC an die Duodenalepithelzelle. Suerbaum, 2020 spricht vom bundle forming pilus

• EPEC schleust einen Rezeptor (TIR) in die Darmzellen ein. Somit schafft sich das Bakterium seinen eigenen Rezeptor. Das fand ich sehr interessant, wusste ich bis dato auch nicht. Im Artikel hab' ich das nicht gefunden.

• Bei ETEC finde ich die Info in der o.g. Quelle, dass die Toxine durch Phagen erlangt werden nicht mehr, was nicht heisst, dass es nicht so ist. Ansonsten ist der Artikel bei diesem Punkt auf Stand.
• Bei obligat pathogenen E.-coli-Stämmen sind die Gastroenteritidien selbstlimitierend. Der Satz erschließt sich mir nicht. EPEC führt nicht selten zu Todesfällen bei Kindern in Entwicklungsländern wenn keine adäquate Elektrolytsubstition geleistet werden kann. Erkrankungen die zum Tode führen würde ich jetzt nicht in generalis als selbstlimitierend bezeichnen. Ein in der Regel würde hier Klarheit schaffen.

• Der im Artikel befindliche Absatz zur antibiotischen Behandlung bei Gastroenteritis fasst die Indikation für Antibiose IMHO weiter als das RKI, welches explizit darauf hinweist, dass eine AB-Therapie die Bakterienausscheidung verlängern kann. Die aktuelle Leitlinie zur akuten Gastroenteritis im Kindealter empfiehlt auf S: 57 - 58 explizit keine antibiotische Behandlung bei akuter Gastroenteritis, außer bei einigen spezifischen Erregern darunter ETEC. Ich kann mir gut vorstellen, dass man in anderen Leitlinien anderer Länder da auch andere Gewichtungen findet. Ich denke es wäre eleganter die Therapie hier nur sehr allgemein zu schildern. Das ist ein Erregerartikel. Behandlung en detail wäre IMHO im entsprechenden Krankheitsartikel Gastroenteritis oder auch HUS) IMHO besser aufgehoben.

• Die Infos zur Behandlung Harnwegsinfekt/Meningitis sind IMHO nicht notwendig. Die sind IMHO in den jeweiligen Krankheitsartikeln besser aufgehoben, dann muss man nicht überall den sich ändernden Leitlinien hinterherrennen. Man könnte sich auch überlegen ob man statt Therapieempfehlungen Angaben zur Empfindlichkeit im Antibiogramm macht. Die Angabe zur Behandlung Harnwegsinfekt/Meningitis ist auch im klinischen Kontext kontraantuitiv. Hier muss sowieso mit einer kalkulierten antibiotischen Therapie begonnen werden, bevor man den Erreger hat. Dann wird sowieso nach Antibiogramm umgestellt. Bei HWI wird oft nicht behandelt und wenn macht man nicht unbedingt eine Erregerbestimmung.

• Im Artikel steht: Das Nierenversagen verläuft in 10 – 30 % der Fälle mit dem Tod des Patienten innerhalb eines Jahres nach Beginn der Erkrankung.[24] Die (IMHO erheblich zu hohe) Zahl und auch die Generalaussage ist für mich fachlich nicht nachvollziehbar. Die Nierenfunktion kann man mittels Hämodialyse durchaus länger als ein Jahr ersetzen, was allerdings i.d.R. nicht notwendig ist. Wenn jemand an EHEC/HUS stirbt, dann eher an Todesursachen außerhalb der Niere (siehe : hier: HUS mortality is reported to be between 3% and 5%, and death due to HUS is nearly always associated with severe extrarenal disease, including severe central nervous system (CNS) involvement. Hier liegt IMHO ein Mißverständnis vor, denn die Zahl der Spätfolgen nach Durchstehen der Akuterkrankung (Hypertonus, postinfektiöse Glomerulonephritis, ...) wird allgemein bei einem Drittel angegeben, die Sterblichkeit im unteren einstelligen Prozentbereich. So schreibt das ja auch Suerbaum, 2020 auf S. 311.

• Bezüglich Frage Antibiotika und EHEC steht basierend auf einer Empfehlung von 2011 im Artikel: Jedoch bleibt der Einsatz dieser Substanzen im Sinne einer EHEC-Virulenzabschwächung durch Reduktion der Verotoxinproduktion kontrovers.[43]. DIese Aussage entspricht nicht der aktuellen Leitlinie zum HUS im Kindesalter Dort steht doch sehr explizit mit Stand 2022: Bei einem manifesten STEC-HUS ist eine EHEC-gerichtete, antibiotische Therapie nicht indiziert.

Ich hab den Artikel jetzt nur stichprobenartig angeschaut, für mehr fehlt mir leider heute die Zeit, aber ich denke schon, dass eine Aktualisierung anhand aktueller Lit. für eine Auszeichnung zwingend notwendig aber auch durchaus zeitnah machbar wäre. Von der Struktur ist der Artikel ja grundsolide. Für explizit ins Feld der klinischen Medizin hineinreichende Punkte sollte IMHO jemand mit klinischer Erfahrung hinzugezogen werden, da spart man sich dann IMHO viele Fallstricke. Ebenso ist es hier unabdingbar aktuelle Leitlinien zu konsultieren, da sich hier wirklich oft viel ändert. Mediziner spezialisieren sich nicht umsonst mittlerweile an die Grenze der Fachidiotie. Grundsätzlich sollte man den Artikel IMHO eh am besten möglichst auf die Mikrobiologie ausrichten und die Klinik den Krankheitsartikeln überlassen. Auf Anfrage kann ich da gerne bei Unklarheiten drüberschauen. Gruß -- Nasir Wos? 21:45, 11. Mai 2023 (CEST)

Ja, das ist irgendwie ein grundlegendes Problem. E. coli wird immer als Fäkalverunreinigung wahrgenommen, weil es dort als Indikator in Kontinentaleuropa verwendet wird, obwohl es quantitativ im Darm eine untergeordnete Rolle spielt. Zwar gibt es pathogene E. coli. Ein Großteil, der im Labor isolierten Stämme sind es jedoch nicht. Wenn EIEC, EPEC von Mediziner ausgebaut werden soll, dann schlage ich eine Auslagerung vor, wie wir es schon bei EAEC, EPEC und EHEC begonnen haben. Ansonsten lesen Laien den Artikel und erhalten von einem stark auf Pathogenität ausgerichteten Artikel einen falschen Eindruck über die reale Gefahr und die Bedeutung als Modellorganismus in der Forschung geht unter. Mir wurde ja bereits vorgeworfen, ich hätte die über 6000 Reviews nicht alle in den Artikel eingearbeitet. ;) --Matthias 19:38, 14. Mai 2023 (CEST)

Für eine Durchsicht hinsichtlich der klinischen Mikrobiologie könntet ihr die Kollegin Salmonella Paratyphi bitten. Meiner Erfahrung nach nimmt sie sich nach Möglichkeit gern Zeit, um bei konkreten Fragen zu helfen. --Gardini ⋅ RC 💞 RM 10:03, 15. Mai 2023 (CEST)

Moin, habe mir eben mal die Überschriften des Artikels angesehen und finde den Artikel in seiner Struktur gut. Meiner Ansicht nach kann man ihn doch so lassen. Was @Matthias hier zur Auslagerung gesagt hat stimmt, sobald die Passagen zu EIEC und EPEC viel länger werden sollten. Dem jetzigen Aufbau nach erhält der Leser einen Überblick über die pathogenen Varianten - eingegliedert in das Gesamtkonzept. Es sieht wirklich rund aus, eine Schieflage kann ich nicht ohne Weiteres erkennen. Oder sollen noch mehr Aspekte betrachtet werden? Dann gebt mir konkrete Aufgaben ;)Salmonella Paratyphi (Diskussion) 10:46, 15. Mai 2023 (CEST)

Mit 1 x Exzellent, 1 x Lesenswert und 2 x Keine Auszeichnung erreicht der Artikel in dieser Version leider nicht die notwendige Anzahl an Stimmen für eine Auszeichnung. Die Hinweise auf mangelnde Aktualität, die Ausrichtung des Artikels und die mögliche Auslagerung von Teilaspekten sollten in einem Review geklärt werden. --Mister Pommeroy (Diskussion) 17:17, 15. Mai 2023 (CEST)

Änderungen im Artikel und Rückblick auf KALP-Disk.

Leider erst nachträglich habe ich die KALP-Diskussion gelesen und mit Bedauern festgestellt, dass der Artikel keine Auszeichnung erhalten hat. Zu den o. g. Kritikpunkten „keine übergeordnete Sekundärliteratur oder überwiegend (veraltete) Primärliteratur“: Sicher ist der bei den Einzelnachweisen genannte Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology als übergeordnete Sekundärliteratur geeignet, allerdings ist nach meinem Kenntnisstand die aktuelle Auflage von 2005 [1], was dann erst einmal veraltet erscheint. Auf der anderen Seite muss man sich klar machen, dass grundsätzliche Erkenntnisse zu dem Bakterium (z. B. Abschnitte #Merkmale und #Vorkommen) sich nicht ändern, wie beispielsweise ein Blick in den Schlegel von 1992 zeigt. Deshalb kann ich mich diesen Kritikpunkten nicht anschließen.

Etwas anders sieht es bei den medizinisch relevanten Aussagen aus, wie die von Benutzer:Nasiruddin genannten Leitlinien, da würde ich mich der Idee der Auslagerung in die passenden Krankheitsartikel anschließen. Sehr wichtig ist der von Benutzer:Matthias_M. am 14.05.2023 genannte Hinweis, stark verkürzt: E. coli ≠ Klassifikation nach ICD-10 A04.3. Das sollte sich auch im Artikel zeigen.

Nun noch Hinweise zur aktuellen Artikelversion (nachdem ich einige belegte Änderungen durchgeführt habe):

1. Der Satz in der Einleitung Es zählt zu den häufigsten Verursachern von menschlichen Infektionskrankheiten ist mMn nach Blödsinn, allerdings habe ich nicht die Quelle, die dies belegen soll. Ein Blick in das Infektionsepidemiologisches Jahrbuch für 2020. Robert Koch-Institut, 20. September 2021, abgerufen am 5. April 2024.  zeigt bereits, dass SARS-CoV-2 „gewonnen hat“. Oder sind lediglich bakterielle Infektionskrankheiten des Menschen gemeint? Da wird EHEC mit 1.370 Fällen aufgeführt (aber EHEC sind nur eine kleine Untergruppe von E. coli) und beispielsweise die Campylobacter-Enteritis mit 46.519 Fällen. Weltweit (--> WHO) ist z. B. Vibrio cholerae von größerer Bedeutung. Also schlage ich das Löschen dieses Satzes vor, gerade, weil er in der Einleitung steht.
2. Die umfangreiche Phylogenie habe ich dem neuen Abschnitt Systematik zugeordnet, da sie die Systematik der Art darstellt. Wenn das nicht auf Zustimmung trifft, bitte ändern.
3. Den unter Weblinks genannten Link „Rod-shaped bacteria: two membranes (Gram-): Morphology typical of Escherichia coli – Zelle von E. coli mit Spore. Schweizer Institut für Bioinformatik, interaktive Graphik von SwissBioPics.“ habe ich entfernt, E. coli bildet keine Sporen.
4. Gemäß ICNP soll die Bezeichnung Serovar und nicht Serotyp verwendet werden, damit es nicht zu Verwechslungen mit Typus (Nomenklatur) kommt (im Englisches alles type).
5. Zur Frage „Wer hat's gefunden?“ habe ich den Hinweis auf die Erstbeschreibung von Migula ergänzt. In der nun im Artikel genannten Judicial Opinion 15 kann man nachlesen, dass „Bacillus coli“ Migula 1895 als Basonym gilt und „Bacterium coli commune“ Escherich 1885 ein Hyponym ist.
6. Falls demnächst nochmals eine Kandidatur angestrebt wird, sollte mMn die Belege aus dem Quelltext entfernt und im Abschnitt Einzelnachweise eingetragen werden, um die Lesbarkeit bei Formatierungen zu vereinfachen. Ich bin aber nicht sicher, ob das im Jahr 2024 noch ein Kriterium ist.

Viele Grüße, --A doubt (Diskussion) 20:28, 7. Apr. 2024 (CEST)

Moin @A doubt, habe Deine Anmerkungen überflogen und habe gerade nicht die Zeit im Einzelnen darauf einzugehen. Ich könnte mich gerne um ausstehende Literatur kümmern und auch die Einleitung anpassen (es gibt jedoch nicht nur Durchfall, HWI etc. und die Bedeutung als nosokomialer Erreger muss auch bedacht werden, es ist schon ein häufiger Erreger). Den Anmerkungen zum Bergey stimme ich zu, aber dazu eine neue Quelle zu stellen, ist ebenso richtig. Es gibt in der Bakteriologie in den letzten 20 Jahren nicht nur viele neue Erkenntnisse sondern auch Änderungen. Ich kann nur nicht garantieren, dass ich innerhalb der nächsten Tage dazu komme, hatte es eigentlich schon ein paar Tage auf dem Plan. "Leider" habe ich immer wieder Phasen, wo ich richtig viel zu tun habe (macht aber auch echt Spaß) und jetzt gerade ist es wieder so. GrüßeSalmonella Paratyphi (Diskussion) 20:42, 9. Apr. 2024 (CEST)

Zu 1. würde ich auch sagen in D spielt EHEC, EPEC, EAEC, EIEC, ETEC eine untergeordnete Rolle, aber in Entwicklungsländern, wo Kleinkinder an Durchfall versterben, vielleicht schon und für immunsupprimierte Personen in Industrieländern. Ich hatte vor 12 Jahren noch Zugriff auf die Thieme e-Bibliothek. Die Seite ist leider nicht in der eingeschränkte Vorschau in der Google-Buchsuche enthalten. Wir können den Satz aber auch gerne aus der Einleitung entfernen. Ich sehe es ähnlich, dass man E. coli sehr schnell auf seine eher untergeordnete klinische Bedeutung reduziert. Die Spezies ist im Labor noch kein Indiz für eine Erkrankung. Der Nachweis von eae und stx 1/2 mittels PCR wäre das KO-Kriterium. Das gehört aber eher in den Artikel STEC/EAggEC. --Matthias 07:28, 11. Apr. 2024 (CEST)

Moinn@Matthias und @A doubt, zu 1.: E. coli ist ein häufiger Erreger von Infektionen, es ist eher falsch zu sagen, dass er meist nicht infektionsauslösend ist, denn das ist u.a. abhängig vom Situs und Wirtsfaktoren. E. coli ist beispielsweise einer der häufigsten Auslöser für Harnwegsinfektionen die wiederum sehr häufig vorkommen. Aus meiner Sicht sollte das schon herauskommen. Zum WE hin werde ich wahrscheinlich frei haben und kann einen Nachmittag oder so investieren, ich habe auch ein paar Quellen parat. Viele Grüße Salmonella Paratyphi (Diskussion) 20:34, 28. Apr. 2024 (CEST)